鳥取砂丘で巨大なアリ地獄に引きずり込まれた男子大学生・大和亜里（やまと あり）。老人ジャリと少女リリスに助けられ、目を覚ました亜里。だが、そこは地球ではなく、昆虫人間が支配する火星の地下世界だった。その後、襲って来た昆虫人間にコントロールされるフリをした亜里たちは、遺跡のような建造物に連れて行かれる。そこで、時空間転移の装置を発見。ジャリに装置を作動させ、リリスと共に空間移動をするのだが……!?

地球人・大和亜里は、昆虫人間が支配する火星世界へ時空間を転送された。そして巨大蟻との戦いで、時空間転送装置を壊してしまう。地球に戻れなくなった亜里は、自らを「アント・ライオン」と名乗り、火星で生きてゆく決心をする……。偶然に入手した小型飛行艇で火星世界を飛び回るライオンと少女リリス。ある日、水晶のようなドームに覆われた都市を発見する。そこで、いきなり開いたドームにライオンだけが閉じ込められ……!?

円盤の爆発で全てを失ったライオンは、妊娠したリリスと共に歪み始めた時空間から脱出。やがて水滴の谷に辿り着いたライオン。ここが、あらゆる“種”に巨大化や異変をもたらす中心だと考える。調査を続けるライオンだったが、留守中に大きな娘を出産してリリスが死亡。カグヤヒメと名付けた娘と冒険を続けるライオン。そのうち、文明の利器で昆虫人間を圧倒するアトランチスの大王・ドルメンと出会い、王城へ招かれるが……!?

アトランチス島が沈み、実は戦闘用ロボットだったドルメンと王妃ミウがライオン一行に加わる。そして辿り着いた木の上の世界で、一人の長老から「宇宙船」の存在を知らされるライオン。宇宙船探索の旅に出たライオンたちは、緑色の巨人と遭遇。この火星世界の成り立ちの一端を垣間見ることに。その後、旅を続けるうちにカグヤヒメが超能力に目覚める。そして、訪れた超能力者の村で、カグヤヒメが“神”と祀り上げられ……!?