江戸時代。謎の怪人・魔神斎を頭領とする忍者集団「血車党」が、日本を征服すべく活動を開始。それは、化身忍者と呼ばれる改造人間を操り、平和になりつつあった世の中を再び戦乱の世に戻すという計画だった。しかし、血車党の化身忍者を次々と倒す者が現れた。――――その名は「嵐」。元・血車党の青年忍者ハヤテが変身した姿。実は、化身忍者を作り出す「化身忍法」は、ハヤテの父・嵐鬼十が編み出した忍術だったのだ……!!

父・嵐鬼十の過ちの償いと平和の為に、謎の頭領・魔神斎を倒し、血車党潰滅を誓うハヤテ。日本中を旅するうち、出羽の国では、牛頭人身の黄金の牛神、摂津の国では、巨大象と多数の獺（かわうそ）忍群……。血車党の化身忍者が次々とハヤテに襲いかかる――――。だがことごとく失敗に終わり、業を煮やした血車党は、ある男を刺客に差し向ける。それはハヤテと兄弟同様に育てられた李徴子（りちょうし）という虎男だった……!!

化身忍者を倒し、血車党の計画をことごとく打ち砕いてきたハヤテ。党潰滅も間近に見えてきた頃、ある寺で血車党の副首領・骨餓身丸を発見する。一つの墓標の前で涙する骨餓身丸。不審に思いながらも、対決するハヤテ。そして、骨餓身丸は、魔神斎の正体について語り出し……!?　衝撃の真相がハヤテを待ち受ける!!　他に、『別冊少年マガジン』掲載の「吸血紅こうもり編」と『希望の友』掲載の「変身忍者嵐」3話分も収録!!

伊賀忍者・タツマキは、公儀隠密。服部半蔵の指令で血車党を探る為、娘・カスミと息子・ツムジの3人で旅人を装っていた。血車党の化身忍者に襲われ危機一髪のところを「嵐」に変身したハヤテに救われ、共に旅をすることになるが――。大鴉、ガマ四次元、ハチの小坊主、鈴虫の姫様、化忍狼女、ミイラ男、ムササビ男、雪女郎……。次々と現れる化身忍者を倒すハヤテ。怪異に満ちた戦いの末、待ち受ける衝撃の真相とは……!?