アルバイトしながら中学校へ通う苦学生・大山大（おおやま・だい）は、間違えて時刻表に書いていない、存在しないはずの電車に乗車してしまう。その電車の名は漂流幹線000（スリーゼロ）。時を超え旅をする000の無限区間定期券を手に入れた大山は、謎の美女・メイビスに導かれるまま、時空を股にかける旅に出発する!西無時谷（にしむじだに）という名の駅に降り立った大山が見たのは、永遠の平和と幸福の追求のために時間が停止させられた街だった……。松本零士の描く時空ロマン大作!!

漂流幹線000（スリーゼロ）の無限区間定期券を手に入れた中学生・大山大（おおやま・だい）と豪胆な美人・平田静子（ひらた・しずこ）は、毎週土曜日の13時13分、存在しないはずのホームから000に乗り、時空を超えた旅に出発する。亜空間を進む000は復讐線との交差を前に緊迫した空気が流れていた……。復讐線――それは復讐者が世界を変えるための列車・フィナーレ13号のための線路。フィナーレ13号の砲撃を切り抜け、停車「針地獄三丁目」に降りた大山は、そこでフィナーレ13号への搭乗を迫られる……。

毎週土曜日13時13分、中学生・大山大（おおやま・だい）と豪胆な性格の美人・平田静子（ひらた・しずこ）は漂流幹線000（スリーゼロ）に乗り時空を超えた旅に出る。西暦72873年の東京に辿りついた二人は、そこで最後の日本人・弓野光（ゆみの・ひかる）と出会う。いわれもないのにバカにされつづけられ、死んでいった家族の恨みをはらすべく、弓野は地球を破壊する兵器をセットする。大山大と平田静子は、兵器を止めようと試みるが……。

時を超える列車・漂流幹線000（スリーゼロ）で週末ごとの旅を続けていた中学生・大山大（おおやま・だい）と豪胆な性格の美人・平田静子（ひらた・しずこ）の、日常と非日常が曖昧になりはじめる。大山大の家には異世界の居候が押しかけ、平田静子には何者かの魔の手が迫る。次元の違う五つの地球の秘密を目の当たりにした大は、自分が000に選ばれた理由を知ることになる……。時空を股にかけた少年の旅路は、いまここに感動のフィナーレを迎える!!