群集に紛れ、ヒトの肉を喰らう。ヒトの形をしながら、ヒトとは異なる存在…“喰種（グール）”。“喰種”を駆逐・研究する〔CCG〕は、あるひとつの命題を果たすため、実験体集団を新設。――その名は「クインクス」。「まともな人間」ではない彼らと、佐々木琲世一等捜査官が“東京”で向き合うものとは――!?

「僕は、僕が生きてきた20年間を知りません」　『半喰種』として任務に当たる指導者・佐々木琲世に対し、瓜江、不知、六月、米林ら「クインクス」のメンバーは、それぞれに複雑な思いを抱く。　一層の戦力を拡大している喰種集団「アオギリの樹」の動向を探りつつ、次なる標的「ナッツクラッカー」の捜査へ。　ふと引き寄せられた喫茶店で、ハイセは“懐かしい香り”と出会う。　そこに、自身を紐解く大きな“鍵”が――？

「秘密の話でもしようぜ……二人きりで」　人間を攫い、競りをする“喰種”たちが集まる舞台、オークション。大型駆逐対象喰種討伐のため、〔CCG〕は大幅な人員増をし、「オークション掃討作戦」を決行する。一方、標的・ナッツクラッカーを追い、作戦に参加したハイセたちクインクス班の前に、“オウル”と呼ばれる異形の影が忍び寄る。かつての面影を残すその残像が、悲しみの爪痕を刻む時、ハイセの頭に“声”が響く――！

「我々“喰種”に仇なす存在にございます――」　“オークション掃討作戦”から半年後…。煉獄の苦しみの渦中にいる月山習を救うため、カナエ＝フォン・ロゼヴァルトと月山家は“収穫”という名の“大量誘拐”を繰り返す。しかし、一向に回復しない主の姿を見かねて、カナエは単独で行動を開始する。カメラ少女・掘ちえの力を借りて。一方、昇進したハイセたちQsの次なる標的は「ロゼ」。“カネキケン”でつながる両者が、交わる先にあるものとは――!?

「私があなたの神様になってあげる――」　進捗をみせる「ロゼ」討伐作戦の最中、“個”を発揮し始める、歴戦の捜査官たちと、次第に“空白の２０年間”に迫る佐々木琲世。疑問と真相の輪郭が、徐々に姿を現してゆく。一方、主・月山習のため、ハイセらQsの面々を消そうと画策するカナエは、「アオギリの樹」と接触を図る。月山家に近づく、数多の足音。そして、景色は縫われる。片眼が紅く蠢く存在によって――…！

「私、あなたのことが好きになったわ！」　犠牲を生み続ける月山家殲滅戦の最中、予期せぬ“隻眼の梟”の襲来。縫われた視界から、秘められた愛情が零れ始める。掬えないその雫は、最期の放物線を描き、対象に沁みてゆく。行き場のない意志を遺して。そして、漆黒が東京を包む時、ふたつの“隻眼”が光を放ち始める。まるで、瞬きすら惜しむ、双眸のように――。

「わたしは“隻眼の王”では、ない」　多数の犠牲を出した“月山家殲滅戦”から半年。“アオギリの樹”討伐に勢力を注ぐ〔CCG〕は、「隻眼の王」を討つことを最重要課題とし、アオギリの根城“流島”への上陸と同時に、コクリアを防衛する作戦に踏み切る。そして、最終作「王のビレイグ」を上梓し、自身が“喰種”であると明言した高槻泉。世界の根源を疑う問題作が、東京を静かに揺らし始める。コクリアに、侵入者を告げる警報が鳴り響く中、佐々木琲世は“ある決意”とともに、獄内を駆け巡る。“奪われる者”の瞳に赫い意思を灯しながら――…

「かっこ悪くても、いきろ」　コクリアに鳴り響く警報。開放される独房の“喰種”たち。佐々木琲世としての“最期の仕事”は有馬貴将の存在によって、完遂を迎えようとしていた。無敗の捜査官が放つ無数の刃に容赦なく肉体を刻まれたとき、既視感とともに、“ある声”が脳内に響く――。そして、青年は「生」を求める。――半喰種“カネキケン”として。死神は静かに微笑み、再び刃を交える。己の存在を確かめ合う、“親子”のように――。

「お前は…喰種捜査官だろう!!」　阿鼻叫喚が響き渡る流島。「アオギリの樹」の根城は、多数の犠牲で埋め尽くされていた。鈴屋班に襲い掛かる“双子”の執念と、“医師”の奸計。“赤舌連”にまつわる因縁の対峙。そして、六月の捜索に出た瓜江Qs班が目の当たりにした衝撃の光景とは…？　交わることのない、〔CCG〕と“喰種”。その焦点が、ついに揺らぎ始める――。

「ヒトと“喰種”は分かり合える」　先代の“隻眼の王”の意思を継ぎ、記憶を取り戻したカネキは、『喫茶：re』に身を寄せることに。懐かしい珈琲の味と香りに包まれたそこは、かつての仲間たちと、“王”を囲う“喰種”たちで満ちていた。―自分が“ここ”にいる意味。ヒトと理解し合える世を目指し、「黒山羊」を組閣したカネキは、〔CCG〕との対話を求め始める。世界という“殻”を破壊するために――。