石ノ森章太郎原作『変身忍者嵐』が現代によみがえる──!!　360年の眠りから目覚めた伝説の忍【ハヤテ】と【嵐】が姿を消した。彼らを追う指令を受けた烈とオボロだが、そこで対峙したのは記憶をなくしたハヤテだった。彼の過去とは、黒幕の陰謀とは、【嵐】とは……。現代の忍者を巻き込み、様々な思惑が動きはじめる！

ハヤテの父親を殺したのはハヤテ自身だった──!!　すべてを思い出したハヤテは嵐の化身の力を暴走させてしまう。烈とオボロの手により、なんとか取り押さえられるが、今度はそのハヤテが血車党の化身に連れ去られてしまい──!?　烈たちはハヤテを連れ戻すことができるのか、そしてハヤテは過去の呪縛から解き放たれ再び刀をとるのか──!?　怒涛の展開の第2巻!!

360年の眠りから目覚め、変身忍者「嵐」へと化身したハヤテ。彼はすべてを思い出すため記憶を覚醒させる装置に入るが、嵐の力が暴走してしまう。烈がその暴走を食い止めたものの、ハヤテは桐谷に連れ去られてしまった。彼を実験台にしようとする桐谷を阻止するため、烈とオボロは桐谷を追うが、化身忍者の圧倒的強さを前に苦戦を強いられる。生きる意思のなかったハヤテだったが、烈やオボロの想いに触れ、そして過去の父親の言葉を思い出し…。目が離せない展開の第3巻！

360年の眠りから目覚め、変身忍者「嵐」へと化身したハヤテ。彼は父親を殺してしまった過去を背負い、生きる意思をなくしていたが、サソリの化身忍者・桐谷との戦闘において過去の父親の真実の言葉を思い出し、現代で生きていく決心をする。歴史と今の世を学ぶため、烈たちの通う高校を訪れたハヤテだったが、そこへ突然、ブラックバードと名乗る組織が乗り込んできて学園を占拠してしまう。なぜか彼らの中には肉体の一部を化身化できる者がいて…!?　激動の最終巻！