千年にわたる王朝が終焉を迎え新時代を迎えた王都は、新たに発見されたエネルギー「螢氣」によって以前にも増して繁栄していた。その王都の闇に跳梁する「怪盗・千夜」と名乗る少年義賊カンジは、逃走の最中に謎の幼女を連れて怪しい術を操る眼鏡の男と出会う。その時より、カンジは王都の闇の世界に誘われる。

旧王城跡に忍び込んだ怪盗・千夜ことカンジは、追い求める「十三廟」の一人、ランテツに囚われてしまう。彼が行っていたのは、培養した少女達による人体実験だった。しかも、協力していたのは「戯術師」ヤモリ。ランテツが目的とする「ルシエルナガ」とは何なのか……？　そして、王都に繁栄をもたらす「螢氣」を生み出す「魔郭」の正体とは!?