船長ジャムカ率いる海賊船バラクーダは大西洋上で一隻の船を襲撃した。乗っていたのは倭国の人々だった。長い間、倭国は鎖国を続けていたのだが強大な大日本帝国軍によって征服され、王女・華菜らは他国に助けを請うために航海していたのだった。華菜はジャムカに「祖国を救って！」と必死に懇願する。報酬は倭国の黄金・財宝と華菜自身。「よし！交渉成立！」とジャムカは決意する。そしてバラクーダは倭国を目指し、大航海を開始した！

倭国を目指して太平洋に向かう海賊船バラクーダ。だが、帝国軍の潜水艦による魚雷攻撃に遭い大破してしまう。その修理のために南米東岸の島ウルゴドンドに寄港し、ジャムカたちはつかの間の休息をとっていたのだが、今度は街に爆音が響きわたったのだ。そして、襲撃されるバラクーダ船員たち……、華菜は誘拐され……。怒涛の救出劇が始まる！

ついに海賊船バラクーダは、大日本帝国軍の領海に突入した。航海中に巨大なタコとカニを操る少女・ナムと出会い、彼女を仲間に迎え入れた。その後、思いもよらぬ出来事が待っていた。それはいったい!?

休息のために立ち寄った無人島。しかしそこは帝国軍の秘密基地だった。ジャムカたちは帝国軍に捕まり、学者とナムだけがかろうじて逃げのびたのだった。一方、ビクトリア連合のレオパルドたちも島内に上陸していた。脱走に成功したジャムカは帝国軍に連れ去られた華菜の救出に向かうのだが……。衝撃の事実が!?

ジャムカたちはとうとう帝国本土の目前まで迫った。帝国と倭国は一体となっていることを知る……。帝国の中心に倭国があり、そのまた中心には倭国の運命を変えたあの異質の物体が……。そしてついに突入する船長ジャムカ率いる海賊船バラクーダ！結末はいかに!?