時を超え終結したサイボーグ戦士たちの目的は黒い幽霊団（ブラック・ゴースト）の負の遺産を消去していくこと!!　神話の神々の力をその身に宿した最強の戦士たちが次々と復活する中、凄絶なるバトルが幕を上げる!!

「神」の力をその身に宿したミュートス・サイボーグたちが時空を超えて集結したサイボーグ戦士たちに襲い掛かる!!　女王神ヘラにより囚われの身となったリコの運命は!?　そして、009は厳しき決断を迫られることとなる…。

ヘラの超能力により戦場へと召還されたサイボーグ戦士たち。ついにミュートス・サイボーグとの全面対決が始まる!!　009とアポロンとの因縁の対決は、さらなる悲劇の幕開けとなり、戦いは凄絶な様相を呈する。「神話」の力を身に宿したミュートスたちの、真の力が解放された!!

ミュートス・サイボーグたちと死闘を繰り広げ、傷つきながらもなんとか戦いを制したサイボーグ戦士たち。しかし、女王神ヘラの超能力で再びミュートス・サイボーグたちが蘇り襲い掛かる!　さらに、リカルドに身を変えていたガイア博士は、大神ゼウスとして能力を覚醒させサイボーグ戦士たちの殲滅に乗り出す。最大最後の戦いが始まろうとしていた!!

大神ゼウスとなったガイア博士は、その全能の力でミュートス・サイボーグをひれ伏させ、サイボーグ戦士たちを一掃しようとする！ 危機的状況の中、009はミュートス・サイボーグたちとも力を合わせ、最大最後の戦いへと向かう。そして、戦いの後に皆を待っていたのは…!? 神話復活編、ここに完結!!