「千本桜」に誘われるように大正一〇〇年の世界に迷い込んだ「未來（みく）」。そこは、「影憑（かげつき）」と呼ばれる正体不明の恐怖に人々が怯える世界だった。その「影憑」の討伐を目的とする「神憑特殊桜小隊」に元々属していた少女「初音未來（はつねみく）」と入れ替わるように軍人にされてしまった「未來」も、様々な困難を乗り越え一人前になりつつあった。そんなある日、帝都に「曲馬団」という見世物一座がやってくる。そして、時を同じくして帝都に再び「影憑」の恐怖が訪れる――。この二つに関連性はあるのか!?　そして妹弟である「鈴（りん）」「錬（れん）」と曲馬団の関係は――!?