明治元年。唯一無二の友・沖田総司の病を治すためフランスを目指す新選組副長・土方歳三は、薩長率いる官軍と交戦しながら北上を続ける。かつて京で不逞浪士を取り締まっていた新選組は、多くの恨みも買っていた。「池田屋の変」「油小路の変」を機に生涯を新選組への復讐に捧げた二人の男がまさにそれであった。一人は長州藩士・百村発蔵。もう一人は元新選組隊士にして御陵衛士の清原清。戊辰最大の激戦「白河口の戦い」にて復讐の狼煙が上がろうとしていた。

明治元年。唯一無二の友・沖田総司の病を治すためフランスを目指す新選組副長・土方歳三は、薩長率いる新政府軍と交戦しながら北上を続ける。劣勢を強いられる中、歳三は最新式のスペンサー銃を使いこなすため会津に山本八重を訪ねる。一方東京上野では、彰義隊と新政府軍が衝突。元新選組十番隊隊長の原田左之助も彰義隊士として奮戦。激戦の中、左之助は窮地に陥った上野寛永寺の貫主・輪王寺宮救出に向かう。この輪王寺宮こそ、新政府軍に対抗できるもう一つの錦の御旗だった。何としても輪王寺宮を土方のもとへ送るべく、左之助、最後の戦いが始

錦の御旗をたてに、官軍を名乗る薩摩長州率いる新政府軍。一方、賊軍の汚名を着せられた土方歳三率いる新選組や旧幕府軍は、北上する新政府軍を相手に東北各地で抗戦。そんな中、上野戦争後、会津へと逃れた寛永寺貫主にして皇族でもある輪王寺宮が「東武皇帝」を名乗る事を決意する。東武皇帝という新たな錦の御旗を得た旧幕府軍はもはや「賊軍」ではない、誰もがそう思っていた。しかし、東武皇帝を頂点とする東北王朝構想には重大な欠陥があった。その欠陥を正すため、市村鉄之助こと沖田総司は秋田へと急行。そこで待ち受けていたのは、薩摩最強の剣客・大山格之助だった。近藤勇が最も恐れいていた薩摩の剣術・薬丸自顕流を極めていた大山は、沖田を確実に窮地へと追いつめていく。

上野戦争後、東北へと逃れた上野寛永寺貫主・輪王寺宮は「東武皇帝」を名乗った。その目的は旧幕府軍に大義をもたらす東北王朝の実現だった。しかし、薩摩による内部切り崩しにあい、東北王朝は瓦解寸前に。さらに追い打ちをかけんと、薩摩の大久保利通は会津公暗殺を目論む。その陰謀をいち早く察知した土方は策を施し、会津藩主・松平喜徳暗殺を阻止。だが、大久保の真の狙いは別の所にあった。土方の上をいく大久保の知略。このまま勝負ありかと思われたその時、土方の前に衝撃隊隊長・細谷十太夫直英が現れる。

薩摩の大久保利通による会津公暗殺計画をどうにか阻止した土方歳三。しかし、新政府軍の会津攻めは激化の一途をたどっていた。新選組の奮戦むなしく、母成峠は突破され、会津公・松平容保が布陣する滝沢本陣は陥落寸前に。籠城戦を決めた容保のため、土方は時間を稼ぐべく新政府軍に突貫する。迎え撃つ新政府軍には、池田屋で屈辱を味わった長州藩士・百村発蔵、そして迅衝隊の板垣退助が待ち構えていた。かつて甲州で新選組を完膚なきまでに叩きのめした張本人・板垣を前に、鬼の副長が激しく闘志を燃やす！

窮地の会津藩を救うため、庄内へと向かった土方歳三。しかし、米沢藩の寝返りにより庄内への道は断たれ、急遽仙台藩へと向かう事に。時を同じくして、旧幕府軍の一大勢力・榎本艦隊も江戸を脱出し、仙台を目指していた。土方歳三と榎本武揚。この二人が合流すれば、劣勢を余儀なくされていた奥羽越列藩同盟も、息を吹き返す。そんな最後の希望を無に帰そうとする計画が、同盟の盟主である仙台藩の中枢で企てられていた。

明治元年10月21日、蝦夷・鷲ノ木浜沖合に威容な姿を見せたのは旧幕海軍の八隻。 これが土方歳三最後の戦い「箱館戦争」の始まりを告げる光景であった。 蝦夷地に新国家建設を宣言する旧幕臣たち。理想郷を勝ち取るためにーーいざ、最終決戦へ！！

箱館平定ーー。五稜郭入城を果たした土方歳三。 次に陥とすべき要衝は松前城。しかし、最新の造りで海防に特化したこの城は一筋縄ではいかない！おまけに、城を守る「僧侶」も立ちはだかりーー！？ 難攻不落の松前城攻略、土方歳三が「策」を魅せる！ いざ最終決戦へーー！北の大地に冬がやってくる！

箱館平定した旧幕府軍に差し向けられたのは、かつて榎本が欲した最新鋭の軍艦「甲鉄」……！ 座して官軍を待ち受けては負けは必定と、旧幕府軍は賭けに出る。 さまざまな思惑。勝算と懸念を乗せた旧幕府軍の軍艦は、官軍の艦隊が碇泊するという岩手県の宮古へ。 陸の戦いには長けた土方歳三だが、海では果たして……？ 時代に抗う男たちの咆哮が波間に散る「宮古湾海戦」編！