孔雀明王の宿命を背負った退魔師・孔雀の活躍再び！　妖魔に見初められ、契をかわしてしまった少女を救うために、彼女を見守りつづける孔雀。しかし妖魔の手によって不覚にも眠らされてしまう！　いそぎ駆けつけた孔雀が見たものは、少女によりそう巨大な狒々（ひひ）の化物だった……!!

冥府とこの世を繋ぐことのできる唯一の人間、幽玄の子・服部遮那（はっとり・しゃな）が、呪術を操る暴力団・鬼道会に攫われてしまう。遮那の力を使い、強力な何かを呼び出そうと企む鬼道会の親玉・蛾王を追う孔雀に、かつての仲間、王仁丸が襲いかかる！　この事件にはなにか裏がある……！

「福瘤観音の会」という新興宗教の教祖から、孔雀に謎の依頼連絡がくる。仕事で出払っていた孔雀の代わりに連絡をうけた少女・アシュラは、小遣い稼ぎのために、幽玄の子・服部遮那（はっとり・しゃな）を孔雀に変装させ、依頼を受けることに……。しかし、教祖の狙いは、孔雀の身体を乗っ取ることだった。アシュラ、遮那だけでこの窮状から抜け出せるのか？

話題のデザイナー、アルカード・ラウド・ツェペシにまつわる黒い噂を調査する孔雀は、彼が吸血鬼ドラキュラであることを知る。強大な力をもつ吸血鬼が恐れるのは日の光だけ。ゆっくりと下僕をふやし、町を滅ぼそうとするツェペシに対抗するため、孔雀は裏高野の女退魔師・蓮華と共闘する。

古代アステカの邪神テスカトリポカを祀る三人のヴァンパイアマスターに月読を攫われてしまった孔雀は、バチカンの聖騎士・マルコ、女退魔師・蓮華と共に敵のアジトである舟を強襲する。しかしそれは、嫉妬に狂った蓮華の罠だった……。ヴァンパイアに囚われた孔雀たちは、テスカトリポカの生贄にされるのか……？

テレビで人気の霊能力者・宣導涼子（せんどう・りょうこ）から退魔師・孔雀への依頼は、あるテレビ番組に関わったものが次々と霊に襲われる事件を解決してほしいというもの。孔雀がみたものは、被害者に襲いかかる巨大な目の化物だった……。

「第3の目」を象徴とする謎の呪術組織による、連続霊能力者殺人事件が勃発。情報を集めるため、霊能力を持つ少女・京子に会いに向かった孔雀は、そこで超能力を暴走させる京子を見つける。他人の穢れを背負い、「第3の目」の力を暴走させた京子は、ついにその姿を変える……。

謎の呪術集団の黒幕、八意思兼神（やごころおもいかねのかみ）に身体を乗っ取られた孔雀は、国津神の頭・建御名方神（たけみなかたのかみ）と対峙する。かつてヤマタノオロチを退治したスサノオの血を継ぐ建御名方神の猛攻は、確実に思兼神を追い詰める。しかし、逆転をはかる思兼神は孔雀に眠る強大な力を呼び起こしてしまう。

天照復活を目論む天津神が、裏高野を支配する!!　孔雀は、捉えられた日光を助けにむかうが、そこには怪力無双の天津神・天手力男神（あまのたぢからおのかみ）が待ち受けていた。空海の霊力を吸い取った天手力男の猛攻に、孔雀は為す術もない……。一方、蓮華の助けで脱出した日光は、天津神が狙う八咫鏡を破壊しようとするが……。

人知を超えた天津神と戦うため、孔雀は神を殺す力・スサノオの宝のカギを探し求める。第2のカギを得るために向かった荒吐（あらばき）神社にも既に天津神の魔の手が伸びていた。水を自在に操る強力な双子神と対峙し、スサノオの宝を巡り戦いを繰り返す神々に疑問を抱く。神を殺すことも、妖魔を滅することも、神自身になることもできるスサノオの力に選ばれた孔雀は何を選ぶのか？　人の世界を捨て神々と戦いに身を投じる孔雀王の旅は続く!!