女子中高生を撮らせたら最高だと評判のカメラマン・野島光司（のじま・こうじ）。しかし、彼に撮影された少女達は皆、人が変わったかのように無気力になっていた。呪われたカメラのお祓いを依頼された熊野真宮の宮司・那智武流（なち・たける）は、そのカメラの持ち主となった野島を追って、彼のモデルになる予定の少女・敦子（あつこ）の元に赴く。

荒魂化した薬丸怪市（やくまる・かいいち）にガードを依頼された影忍一族の幽蝸みづは（ゆら・みづは）は、巫女の勢伊子（せいこ）を人質に取り、夜叉鴉の本拠地・熊野真宮へ乗り込む。宮司の那智武流（なち・たける）は、夜叉鴉の正体を隠したままみづはと対決するが敗北し、勢伊子を連れ去られてしまう。彼女を救うため、那智は夜叉鴉となるが……。

影忍一族の幽蝸みづは（ゆら・みづは）との死闘の末、死人となって勝利をおさめた那智武流（なち・たける）。時は過ぎ、怪事件が相次ぐ東京で、番長皿屋敷のお菊だと噂されるミイラが安置される病院に那智の死体が運び込まれる。そこで「オヤカタサマ」を追っていた少女・朱姫（あけひめ）は、死体の那智と対面するが……!?

この世に蘇った那智武流（なち・たける）は、邪悪な悪霊までも蘇らせてしまった。那智の姿を借りた悪霊は、朱姫（あけひめ）を人質に那智の肉体と取毛トマス（とりげ・とます）の肖像画を要求する。朱姫の従者・熊若（くまわか）は、本物の那智を確保するが、シスターマリアに肖像画を持ち去られてしまう。肖像画を手にしたシスターマリアは、地獄の扉を開こうとするが……!?

ついに動き出した影忍達の支配者・オヤカタは、魔都エドを復活させるべく帝都を守る狛犬である渋谷ハチ公像を襲撃するが失敗。しかし、その爆発に巻き込まれたカップルの女性・詩織（しおり）に異変が起こり、那智武流（なち・たける）が呼ばれる。詩織は昭和初期の華族令嬢の生まれ変わりで、もう一人の那智と婚約していたと話し出す。そこへ現れたオヤカタは詩織を強奪。オヤカタを追う那智たちは幽霊列車に迷いこむ。

幽霊列車に乗って、60年前の東京にたどりついた那智武流（なち・たける）は、不思議な力を持つ作家・宮沢賢治（みやざわ・けんじ）と知り合う。そして那智は、北一輝（きた・いっき）の元に連れて行かれ、寄り巫女・幽香（ゆか）と契ることを迫られる。絶頂と共に幽香の口から未来の霊告が発せられ……。一方、軍人・石原莞爾（いしはら・かんじ）の姿をかりたオヤカタこと服部半蔵（はっとり・はんぞう）は、宮沢を拉致して何を企むのか!?

穢土（えど）城の第一層・天道階で化楽天を倒した那智武流（なち・たける）は、彼女と同化して女性の体になってしまう。そして那智たちは、未来の東京らしき第三層・修羅階で、宮沢賢治（みやざわ・けんじ）の妹・とし子（としこ）と出会い、彼女から聞いた“鴉と烏の戦い”と夜叉鴉の存在の意味を調べようとする。その頃、幽蝸（ゆら）の娘・みづはと国防省長官が率いる鴉一族は、那智の抹殺を企てていた。

“反造”と呼ばれる疑似生命体であった幽蝸みづは（ゆら・みづは）と国防省長官を、壮絶な戦いの末に打ち破った那智武流（なち・たける）。そして、長官から真実を聞かされ動揺する那智は、突如現れた服部半蔵（はっとり・はんぞう）に鉄杭を打ち込まれ封死されてしまう。改めて本当の敵が誰なのかを知ったみづはたちは、半蔵に立ち向かうが……。

完全なる夜叉鴉となった那智武流（なち・たける）は、最強の死者が造り上げたもう一人の那智武流との最終決戦へと向かう。しかし、那智の前には巨鴉（おおがらす）、そして朱姫（あけひめ）とその従者・熊若（くまわか）が立ちはだかる。しかも朱姫の腹には第三の那智武流がいて……!?　ついに明かされる悪霊の王の正体とは？　壮絶なクライマックスを見逃すな!!