「イージスの楯」、それはギリシャ神話の女神・アテナが持っていた楯のことだ。勇者ペルセウスが退治した魔女・メドゥーサの首が埋め込まれていて、いかなる敵の攻撃も阻んだという最強の楯である。その楯の名で呼ばれている、闇の世界に生きる男・楯雁人。金さえ払えば犯罪者をも護衛するという、フリーランスのボディーガードだ。全ての攻撃を阻む鋼鉄の右手で、彼は今日も依頼者の命と心を護る!!

真島忠男という男から仕事の依頼を受けた雁人。理由は明かさず、明朝８時までに倉境市まで自分を護衛し、送り届けろという。真島は、企業専門のテログループ「クラン」の爆弾制作を一手に引き受けていた、爆弾製造者だ。だが、最近両者の関係が悪化し、真島は殺しを愉しむという冷徹なヒットマン・蛇紋（シェウエン）から命を狙わているらしい。

雁人のもとに、かつての同僚で現在は警察庁警務課首席監察官の甲斐がやって来た。彼が担当するのは、警察組織内の犯罪の捜査。最近、警視庁の押収品保管庫から、拳銃、重火器、薬物などが大量に消えているという。警察内部に「天使」と呼ばれる得体の知れない犯罪グループが存在し、押収品を横流ししているのだ。事件解決のため、極秘の特捜本部が設けられたのだが…。

ある雨の日。雁人と甲斐は、今は廃墟となったかつての病院で出会っていた。そこで２人は「１年に１度の儀式」として、互いの頭に銃を向けあう。この儀式は、一体何を意味するものなのか…。同じ頃、雁人を狙うヒットマンが病院跡地へ向かっていた。彼らは「クラッカーズ」と呼ばれる、軍人上がりの３人組。プロの殺人集団を相手に、雁人は!?

新宿副都心の高層ビルの中にひっそりとあるバー「鷹の巣」。裏社会への窓口でもあるこの店へ、御厨亨という少年が訪ねてきた。彼は店のバーテンダーである七瀬に、銃を売ってほしいと頼む。自分の姉を殺した犯人に復讐するためだ。３年前、竜崎哲夫という35歳の医師が、14人の女性を連続で殺すという事件があった。亨の姉はその時の被害者だという。

雁人はイタリアのシチリア島を訪れていた。「アイギス」と呼ばれる、コーザ・ノストラの伝説的なボディーガードを捜すためだ。雁人はどんな敵からも組織のドンたちを護りぬいた凄腕のアイギスに、復讐のための力を借りようとしたのだった。だが、あるレストランの店主で、コーザ・ノストラに詳しいルッソ・アルラッキによるとアイギスはもう何年も前に死んだという。

「竜門幇（ドラゴンゲート）」は、古くから日本に根を張る中国系暗殺組織。その結束力は黒社会でも随一とされる。その当主で、殺し屋でもある劉伊健（リウ・イーキン）が、再び雁人の前に現れた。かつて「ネメシス事件」の時に雁人と対決した彼だが、今回は野々宮亜紀という女性を護ってほしいと仕事を依頼しに来たのだ。伊健は彼女に好意を寄せていて…。

警察内部に存在するカルト犯罪組織「天使」が再び動き出した！　天使のメンバーと目され、内偵対象にあった警官５人が相次いで「天使狩り」に遭い、殺害されたのだ。やがて、この事件に「ビースト」と呼ばれる謎の男が関与していることが判明した。甲斐率いる本庁の公安「魔女狩り部隊」が、そして来島ちひろを助手に迎えた雁人が、事件を追って動き出す。

人気連載を終えたばかりの少女漫画家・飛鳥ひとみ。彼女はファンサイトとは異なる、自分の公式ホームページがあることを担当者から教えられた。だが、彼女自身はそんなホームページを作った覚えは全くない。けれども、実際にアクセスしてみると、飛鳥ひとみ公式ホームページ「Welcome to Asuka House」は確かに存在していて…。

間宮里佳子という大富豪の女性から、娘を3日間護衛してほしいという依頼を受けた雁人。彼女のもとに「令嬢に死を与える使者を送る」という脅迫状が届いたのだ。だが、里佳子のいう娘とは人形のことだった。その人形は骨董美術品としての価値が高いものだったが、雁人は妙な違和感を覚える。その夜、間宮の屋敷に齢七十を超えてなお現役の殺し屋・野村がやって来て…。