バダンの侵攻に対し日本全国に散らばった10人の仮面ライダーの戦いは、一層熾烈を極める!　――が、ここでしばし幕間、“始まりの男”の物語をお見せしよう。悪の秘密結社ショッカーとたった独りで戦っていた本郷猛（ほんごう・たけし）=仮面ライダー。彼に接触してきたのはショッカーを追うカメラマン一文字隼人（いちもんじ・はやと）……2人の男は如何に出会い、如何に「仮面ライダー」となったのか!?　ファン待望『旧1号＆旧2号篇』今ついに!!

インターミッション『旧1号＆旧2号篇』を経て、ついに本編再開！　一文字隼人（いちもんじ・はやと）が「仮面ライダー2号」を名乗り、本郷猛（ほんごう・たけし）は「仮面ライダー1号」となった。東京・夢の島地下のショッカーアジトにて繰り広げられる5人のショッカーライダーとの死闘の果てに2人は……。やがて時代は過ぎ、10人となった仮面ライダーはバダンの侵攻と戦っていた。舞台は沖縄、左腕ごとギギの腕輪を失ったアマゾンは瀕死の淵に立ち、復活を信じる村雨良（むらさめ・りょう）＝ゼクロスはゼロ大帝に立ち向かう。

ゼロ大帝はアマゾンの左腕を自らに強制結合し、アマゾン同様の姿へ変貌を遂げた。ギギとガガの腕輪を合わせ、さらなる力を求めるゼロ大帝はいまだ仮死状態のアマゾンを喰らおうと第10分隊のヘリに乗り込む。必死で立ち向かうマサヒコに魔手がふりおろされそうになったその刹那、ついに奇跡が――。『アマゾン編』終幕！　そして舞台は北陸・金沢、ジンドグマと交戦中の沖一也（おき・かずや）＝仮面ライダースーパー1の姿があった。

沖一也（おき・かずや）、心の闇の淵に立つ！　舞台は金沢から青森へ――『スーパー1編』熱く展開!!　――ジンドグマに制圧されている北陸・金沢。仮面ライダースーパー1は医王山にて四幹部と交戦、チェックマシンから遠ざけられることによる消耗戦を強いられていた。一方、市街地で怪人に囲まれていたジュニア・ライダー隊を救出した仮面ライダーXとSPIRITS第9分隊が富山湾沖で目にしたものは!?　そして村雨（むらさめ）邸に待機するルリ子はバダンシンドロームの核心を語り始める……。

人として、ライダーとして、拳法家として――。八甲田山・赤心寺（せきしんじ）を舞台に『スーパー1編』佳境！　――バダンの竜により、富山湾沖から青森へと連れ去られた沖一也（おき・かずや）。倒れていた一也を介抱していたのは、ねぶた作りに励む高校生達だった。そんな中、市中にはドグマを圧倒的な力で蹴散らしていく僧兵集団の姿があった。彼らは、滅んだはずの赤心少林拳で戦っていた。そして一人の僧兵の姿を見た一也は――。

桜と梅と黒き鬼。赤心少林拳、その裏と表が今一つに――『スーパー1編』急展開！　ドグマはついに赤心寺（せきしんじ）に牙をむいた。闇に乗じて次々に僧兵達を殺していく地獄谷五人衆の四怪人を迎え討つX、スカイライダー、ZX。変身不可能となった沖一也（おき・かずや）は、義経（よしつね）と協力し赤心少林拳の奥義「梅花（ばいか）」と「桜花（おうか）」の合体技で戦う。そして、十数年前に消息を絶ったと言われていた男が突然赤心寺へと帰還した……。

ついに沖一也（おき・かずや）はスーパー1へと変身なった！　しかしその前にカイザーグロウとサタンスネークが立ちはだかり、そしてその2体はなんと……。一方、青森市街を徘徊しているバダンの龍に対抗すべく、ねぶた部の面々は「空飛ぶ火の車」を担ぎ出すが……。青森・スーパー1編完結！　そして、ショッカーとデルザー軍団が待つ東京に続々と集結しつつあるのは……!?

早く大人になりたかった　仮面ライダーを助けるために――！――デルザー軍団に制圧され廃墟と化した東京で、石倉五郎（いしくら・ごろう）は仮面ライダー1号と再会する。追想の念に駆られたのも束の間、地獄大使が出現させた時空魔法陣によって1号ライダーはいずこかへと連れ去られてしまう。すかさず後を追うZX、そして「今度こそ俺が仮面ライダーを助けに行くんだよ!!」……と幼き日の憧憬を胸に、魔法陣の闇に躍り込む五郎、その先には！　東京・1号編、波瀾!!

ショッカーの地下アジトで克己・和弘兄弟をかばいながら苦戦中の1号。助けに追った石倉五郎とZXもまた突破口を見いだせずにいた。そしてある任務により潜水艦で潜行する緑川ルリ子は海底でなにかに気づく……。本郷猛と緑川ルリ子、遠き日の記憶と想いが交錯する“1号編”！

荒野となった東京都内、デルザー軍団と仮面ライダーたちの激闘続く中、ストロンガーはついに仇敵ドクターケイトとまみえる。チャージアップ状態のストロンガー、活動限界時間は1分間……。一方、東京湾沖で浮上したショッカー基地で、1号と地獄大使が対峙していた。地獄大使は語る。「この島はまるで私だ、ショッカーは既に幻影と化した……」ショッカーより出でし者、ショッカーを背負いし者、時を経て再び激突!!