Y染色体、消失。男子、滅亡。――西暦2012年、太陽系に発生した磁気嵐群の影響で、地球上のヒト科のY染色体は絶滅。残された人類は、卵子同士での生殖に成功。地球は女だけの新たな世界に生まれ変わった。だが、運命の西暦3992年。安斎（アンザイ）・Y（イアント）・姫（ヒメ）、誕生。＜彼＞は、世界にたったひとりの男性となった――。

＜男＞は＜女＞に造られる。――かつて、男女ほぼ同数であった地球に突如として出現し、人類のY染色体を滅亡させた、サキュバス現象。2000年の時を経て、今度は女性滅亡（フィメールロスト）が近づく。人類を救う唯一の方法として、人工的な男性創出実験が繰り返される一方、ウイルス保持者（キャリア）として隔離された皇（コウ）。愛する人を救うため、世界唯一の男性、姫（ヒメ）が選ぶ道とは――。

＜男性消滅（メールロスト）＞により＜女＞だけになった地球は、原因不明のサキュバス現象により今度は＜女性消滅（フィメールロスト）＞に襲われる。サキュバス予備軍（キャリア）として地下に隔離された皇（コウ）は、自らの健康体を証明すべく原因をつきとめようとする。一方中央では、＜K-10Rα＞内のカヤシマの体内で2000年ぶりに「卵子と精子の受精」が試みられる。皇と、世界にただ一人の＜男＞姫（ヒメ）が選ぶ生命への道は――!?

2000年間、誕生し得なかった＜男＞創出のため、冷凍保存精子による授精実験を開始した中央。すべての被験者が着床に失敗する中、唯一＜妊娠＞に成功したカヤシマに異変が。一方、女性消滅（フィメール・ロスト）を引き起こすサキュバス現象が中央付近で観測され、隔離中の皇（コウ）がサンプル回収に向かう。男であることを隠し続ける姫（ヒメ）と、彼を嫌悪する皇、ふたりの距離が限りなく縮まっていく――!?

生き延びたことが、罪。女性消滅を引き起こすサキュバス現象が＜中央＞を襲い、地下施設での生活を余儀なくされた一行。月小路霧江は、自分以外の誰かのために死を賭した行動をした安斎・Y・姫に対し、強い執着を抱く。サキュバス現象を生身でくぐり抜け、なお生き延びた姫は、恋い焦がれた伊集院・R・皇との再会を果たす。だがふたりの心の距離ははるかに遠い。すべてを目の当たりにし、一人嗤う＜看守＞が握る真実とは―!?

地下施設内で＜絶対の大人＞として君臨してきた看守（ジェイラー）は、姫（ヒメ）の＜種子＞を使っての生殖実験を指示する。秘密を隠し通すために、「子どもを産めない」ことを告白する姫。しかし、看守が握っていた真実は、それだけに留まらなかった。＜完全なる男性＞が存在することが白日の下に晒されるとき、姫に、皇（コウ）に、霧江（キリエ）に、突きつけられる絶望の選択とは――!!

姫（ヒメ）と皇（コウ）と霧江（キリエ）に決定的な亀裂をもたらした“実験”。そこから逃げ出すかのように＜サキュバス＞被害者回収に赴いた姫だったが、その目にしたものは、信じがたい絶望の光景だった。一方、霧江とともに寝台での“実験”を続ける皇は、その胸の内に危うさを孕みはじめる。また霧江にも、月小路（ツキコウジ）家の血筋の定めが重くのしかかる。三者三様の闇の中にいる彼女らが、手にする希望のカタチとは――。

サキュバス発生地区から帰還し、“生殖実験”という看守の残酷な遊びのため、皇（コウ）の待つ寝台へ向かう姫（ヒメ）。その手には、死んだ母たちからの“遺産”があった。霧江（キリエ）は、再会するかつての恋人たちを目の前に、絶望を深めていく。そして看守と霧江と姫、三人の身体に流れる月小路（ツキコウジ）の血が、その真実の姿を白日の下に晒すとき、滅びゆく世界を救う唯一の手がかりが、眼前に現れる――！

はるか天空から降り続け、3000年前に男性を滅ぼした＜サキュバス現象＞は、かろうじて生き延びた女性たちをも、滅ぼそうとしている。世界で唯一の男性・姫は、愛する幼なじみ・皇との愛を微かな望みとして生きてきた。＜生殖実験＞でそれが果たされたとき、過去から託された、人類救済の希望が現れる。看守が本意を明かすとき、最も残酷な運命が姫・皇・霧江に突き付けられる。それは希望か、絶望か――。