自然生命体とロボット同盟による大戦から100年。宇宙の9割はロボット同盟が支配する今、シルバーランドの騎士サファイアは、この不条理な世界を打開すべく宇宙海賊を結成!!　写楽やレオを率いてロボット同盟に立ち向かう、スペース・オペラ巨編開幕!! マンガの神様・手塚治虫が生み出したヒーローたちを、情熱の国スペインの人気コミック作家ケニー・ルイスが熱筆!!　未だかつて誰も見たことのない手塚ワールド爆誕!!

ロボット同盟に反旗を翻したサファイア、レオ、写楽たち宇宙海賊は、地下都市エル・ニドに逃げ込んだ。だがアトラス直属の最強ロボットの1体・ゲジヒトの追跡を受け大バトル発生。劣勢に立たされたサファイアたちだが、謎の少女ファイアと写楽の祈りが通じたか、地面からフェニックス型の宇宙船が隆起。それに飛び乗り脱出に成功した。だが宇宙を航行中、宇宙船内に寄生生物が大発生。その危機に立ち向かうのは、フェニックス号に乗り込んだサイバー外科医のブラック・ジャック!!　天才外科医の神業が冴え渡る!! そしてロボットの英雄...

監禁施設からアトムを救出したチーム・フェニックス。未だ昏睡状態が続くアトムの意識に潜入し、蘇生を目指すファイアだが、そこで見た光景こそ、100年前のロボトニア戦争で苦悩するアトムの姿だった。一方で反撃を開始したロボット同盟。アトラスやモンブランの追撃を受けるチーム・フェニックスは各所で死闘を展開し…!?

手塚治虫キャラクターが大集結!! 奇跡のスペース・オペラ巨編!! アトムvsアトラス、サファイアvs青騎士、レオvsヘラクレス…全宇宙が見守る中、バイオロジックとロボット同盟の激闘過熱!! 一方でフェニックス号の再生を託された写楽は、三つ目族の力が覚醒!! 壮大な計画が秘められた“再生プロトコル”の起動に挑むも…!?

新世界を創造する再生プロトコルが始動!! チーム・フェニックスは監禁地帯からの脱出を目指す!! そしてウランとファイアは…!? 手塚治虫が生み出したヒーローたちが集結した奇跡のスペース・オペラ巨編、堂々完結!!