早くに亡くなった父の面影を求めて、ひとりさまよう少女・カナ。生き物への愛を胸に、農学部で学ぶ男子大学生・レイ。絶滅危惧種の淡水魚「ニッポンバラタナゴ」が結ぶ縁で、ふたりの世界は広がっていくーー。

父の面影を追って家出した少女・カナ。父が生前に研究していた絶滅危惧種の淡水魚「ニッポンバラタナゴ」を探して、大学の農学部に潜り込む。古都・奈良を舞台に少女のとまっていた時間が動き出す。

奈良の叔母の家に滞在して、父が生前に研究していた絶滅危惧種の淡水魚「ニッポンバラタナゴ」（ペタキン）の調査をする大学生たちと交流するようになった少女・カナ。ペタキンを通して父の生前の姿を見る。

ついに自分の手で「ニッポンバラタナゴ」（ペタキン）を捕まえた少女・カナ。ペタキンの調査を続ける男子大学生・レイから、外来種の問題に関する話を聞く。そんな時、家出したカナのもとに母が向かっていて……。

家出中の少女・カナは滞在していた叔母の家を抜け出て、父の実家である祖母の家を目指す。カナは初めて「ここ」に来た理由、そして、本当の「気持ち」を伝えるーー。

亡くなった父の足跡を追って、祖母を訪ねたカナ。孫である自分を無条件で歓迎してくれるかと思ったものの、祖母の態度は極めて冷淡だった。家出中の身であるカナは、なんとかこの家に居座ろうと奮闘しつつ、生物好きの大学生レイから、父が研究していたペタキンや生命のことを知っていく。

祖母から父の遺品を見せてもらったカナは、ペタキンの生態と人間同士のつながりが似ていると思う。祖母の家で、地元が好きでない少女・アヤ、祖父の山守という職業を継ぎたいという夢をもつショータなど、地元の子供たちとの否応なく交流していく。

地元の中学生・アヤから「友達になろ!!」と急に距離を縮められたカナ。ちょうどその時、ペタキンの生息地候補になっていた池に落ちて水浸しになった大学生のレイ。地域の池と氏神様を守り続けてきた森ノ口さん……それぞれが関わりを持ちながらカナの居場所ができていく。

父が生前研究していたペタキンのことを大学生レイに教えてもらっているカナ。もっと知りたいという思いが高まり、叔母のチズコに、レイが通う日ノ郷大学に連れて行ってもらうことになった。近鉄奈良駅の前で待ち合わせしたカナとチズコおばちゃんは、大学へ向かう。

叔母のチズコと日ノ郷大学に来たカナは、鴻埜先生から生物学の話を聞き、研究室で飼育しているメダカのタマゴをとらせてもらった。美しいタマゴとメダカを真剣に見つめるカナ。その頃、かつてカナの父と交流のあった森ノ口さんは、生前のカナの父のことを思い出していた。