さあ、治療開始だ！　医者×モンスター×バトルアクション！！人とモンスターが共存する世界で、世界を浸食する謎の病原菌と戦い命をかけて命を守る者たち、それがモンスターの医者！スライムドラゴンの核を体内に持つ少年ナギは、あらゆる物質と同化し、モンスターの心が分かる体質となっていた。偉大な医者である父の失踪の原因、そして世界の謎を追うためパートナーのポムと共に、ナギはモンスターの医者になる決意をする。少年とモンスターの、絆と冒険ファンタジー・・・施術開始！！

どいて！　私はその子を治療（ル：なお）したいだけ――――。人とモンスターで溢れる大都市ボルンは、モンスターバトルの賭博で狂喜乱舞する闘技場の街だった！そこでナギは、魔法使いと呼ばれる闇医者たち、そしてこれまでの自信を打ち砕く、天才医療少女と出会い・・・！？

モンスターの医者入学試験を受けるべく、ルーベンスの下で最後の試験勉強に励むナギとメアリー。勉強続きで退屈な毎日を送る中、ある日隣村へのお使いを頼まれる二人だが・・・。その先には、恐ろしい試練が待ち受けるのであった。点と点が、線でつながるときーーーモンスターの医者の背に刻まれた、”紅珠”の真意が明らかになる！！

来る入学試験、当日。 ルーベンスと共に、ナギとポム、メアリーはアカデミーへと向かっていた。 "モンスターの医者になるための第一歩"に胸を躍らせるナギとメアリーだが、この試験の本質は受験生同士で邪魔し合う足の引っ張り合いだった・・・！？ 千差万別な能力を持つライバル達が肩を並べる中、果たして彼らは無事に突破できるのか！？ さあ試験（ル：戦い）は始まってるぜ――――

いよいよ入学最終試験に突入！ 重い薬を"受験生たち自身"で遠く離れた支部へ夜までに届けきるという課題に、悪戦苦闘しながら進むナギとポム、メアリー。 そんな彼らの前に苦しみ悶えるモンスターが現れる。 刻々とリミットが迫る中、迷うことなくモンスターを助ける選択したナギ。 その姿に心を揺り動かされた受験生たちが集い、それぞれの力を活かして治療を行う。 しかし、一行の元には恐るべき病原体 "デーモン"の恐怖が忍び寄っていた――――

最終試験の中、“デーモン”との遭遇により、戦いを余儀なくされるナギと一行。 その恐ろしさは強さだけではなく、刺された者は"デーモン"と化す…というものだった。 助けに入った十字医でさえも戦闘に敗れゆく中、仲間であるメアリーは背中に病を撃ち込まれてしまう。 絶望と恐怖の中、"デーモン"の核を破壊して抗体を手に入れる決意をしたナギ達。 不撓不屈の精神で立ち向かう彼らは果たして全員、生き延びることは出来るのか！？

"モンスターと世界を救うため結成された、あらゆる医療に対応できる特殊部隊、特別総合科 医療部隊・・・通称”特科隊”結成！！ メアリー、ナギ、レンブラントら若きモンスターの医者の卵たち特科隊が、いよいよ世界へ挑む【第一部】完！！"