西暦2205年。「歴史修正主義者」による過去への攻撃が始まった。歴史の改変を防ぐため、時の政府により「審神者（さにわ）」が過去に遣わされた。審神者によって励起されたのは、刀剣に宿る付喪神「刀剣男士」。彼らは歴史を守るため戦いへと身を投じて行くのだった。審神者から刀剣男士たちに新たな出陣の命が下る。加州清光を隊長に、三日月宗近、小狐丸、石切丸、岩融、今剣（いまのつるぎ）という編成が組まれ、彼らは、文治5年の奥州平泉・阿津賀志山の戦場へと赴くことに――。

――文治5年。源義経は兄である源頼朝に追われ奥州平泉の藤原氏の元に身を寄せていた。しかし、勢力を拡大する頼朝の圧迫に屈した藤原泰衡に追い詰められ、この地で自刃し果てた。義経の死を機に奥州制圧に乗り出した頼朝軍は、泰衡率いる藤原軍と激しい戦闘を繰り広げ、平泉を攻略、この合戦により奥州藤原氏は滅亡したのだった。歴史修正主義者の標的となったのは源義経。捻じ曲げられた歴史では、すでにこの世にいないはずの義経が生きながらえ、弁慶を従えて泰衡と共に阿津賀志山で頼朝軍を迎え撃っていた。刀剣男士の使命は正しい歴史に戻すこと。果たしてこの戦の行方とは……。