銀座の女帝・彩香の娘として育った明日香。名門の娘が多い私立校で水商売の娘と蔑まれ、鬱積した不満を抱えていた。女帝の母にも反抗。憧れは祇園の舞妓に…。そんな時、育ててくれた安西のお婆ちゃんが死に、明日香の心に穴が空いてしまう。相談した菱和会会長の伊達に「ママに反抗するなら、ママの手から離れてお前の力で生きろ」と言われて決心、十七歳で家出して京都へ出た。祇園甲部にある屋形を兼ねた茶屋の『よし野』に入ろうとするが、身元のしっかりした者でないと駄目だと断られ、母を頼れない明日香は、伊達のもとに…。名作『女帝』の、続編がリリース！　彩香の娘・明日香の新たな女帝伝説が始まる！！

祇園の女帝になるという明日香に、伊達は保証人になることを承知する。伊達の元に泊まった明日香は、そこで修行している本城組組長の息子・武士に出逢い、好意を持った。『よし野』で芸妓修行に入った明日香は、かつての名妓・代志乃をおかあさん（女将）として、”仕込みさん”となる。屋形同士もライバルという同期の美佳に、明日香は必死について行った。そこへ、高校の時のBFだった康平が、明日香を追って京都にやってくる。会っていたことを叱られた明日香は、自分はまだ処女であることと、舞妓の間はそれを守り通すことを宣言した。手本や相談相手にしてもらおうと、代志乃は明日香を、売れっ子芸妓・雪乃の付け人にする。

京大受験で京都に来ていた、杉野謙司と出会う明日香。翌日京都案内をするが、悩んでいるらしい雪乃を見かけた明日香は謙司を美佳にまかせて、後を追った。雪乃の相手は、大御所歌舞伎俳優の吾妻征四郎。惚れた雪乃が自殺未遂まで引き起こした相手だと判る。美佳は謙司が外務大臣・杉野謙一の息子だと知った。電車でヤクザに絡まれた明日香は、武士に救われる。五条烏丸会系の石田組に不穏な動きが…。師岡組の者を撃って逃げた石田組の男と鉢合わせした明日香は、危うく撃たれかかった。祇園祭が終わったら、抗争に？相談に行った明日香は、抱こうとする武士を拒んだ。処女の舞妓は、高く売れる。私は極道の情婦にはならないと…。

祇園祭・山鉾巡行の日に、大翔組と菱和会が間に入って石田組と師岡組の話し合いが行われることになった。雪乃が石田に身をまかせて石田の野心を聞き出し、それを明日香が伊達たちに連絡する。石田は場を利用して、師岡共々伊達と大翔の命も奪うつもりでいたのだ。一方美佳は、処女を装って謙司に抱かれることに成功。名門の息子を手に入れたとほくそ笑む。当日、刺客を発見した明日香は、まだ明日香への恋慕を棄てられない謙司の呼びかけを制した。謙司を置いて刺客を追い、伊達たちを撃とうとする瞬間に突進して、その腕にしがみついた！

身を挺して刺客を止める明日香。明日香を撃とうとした刺客を、武士が射殺して刑務所へ。五条烏丸会の内紛は集結した。仕込み修行を終えた明日香と美佳は、舞妓になる。謙司の母・梨奈が、謙司の部屋で明日香の写真を見つけ、京大へ行くのは明日香に誘惑されたからだと思い込んだ。明日香・彩香への恨みが、再燃する。一方康平も割烹の『うえ松』に入り、板前を目指し始めた。『よし野』に乗り込んできた梨奈が、謙司と手を切れと金を出すが、明日香は投げ返す。TVの取材が入るが、女帝の娘と世間に知れるのを避けたい明日香は、美佳に譲った。”お店だし”も、母娘の縁を切った彩香には知らせない…。

プロの『壊し屋』を雇う梨奈。明日香を強姦して、顔を潰せと命じた。康平が明日香の”店だし”のプレゼントに簪をくれる。見習い座敷の帰りに襲われた明日香は、その簪で反撃。声を聞きつけた伊達が駆けつけて、事なきを得た。伊達たちは烏丸会の新会長・岡部等とともに、雪乃や明日香に礼を言うために『よし野』に来ていたのだ。『壊し屋』は、明日香の背後に菱和会がいることを知って、手を引いた。そして”店だし”当日。明日香の姿をTVで観て、涙を流す彩香。美佳は萩美に改名。単独でお座敷をこなせることになった明日香は、征四郎の座敷に呼ばれたとき、彼の女癖の悪さを思い知らされた。

祇園の節分行事”お化け”の日に、征四郎が若手歌舞伎俳優・高山左近たちを連れてきて、雪乃と明日香に紹介した。『よし野』にやってきて、明日香と会う謙司。自分たちの親の因縁を知り、明日香と結ばれるのが宿命だと思い込んでしまう。明日香に目をつけて、左近が座敷に呼び始めた。雪乃が抱かれた後、忘れていった携帯を使って、ホテルへ明日香を呼び出す征四郎。犯されかけるが、明日香は辛うじて逃げた。ところがそれを写真に撮られ、雪乃と明日香の征四郎を巡っての三角関係として週刊誌で話題になってしまう。しかし代志乃は明日香を守り、祇園の客達も却って明日香を慰めるのだった。

征四郎にきっぱりと別れを告げる雪乃。明日香とはなお親しくなった。京大に通うために、京都に引っ越してくる謙司。早速美佳がやってきて、身体を交えた。悩む謙司だが、欲望に勝てない。都をどりの日、明日香の晴れ姿を彩香も見に来た。彩香にあった代志乃は、明日香を必ず祇園の女帝にすると断言。明日香を託すに値する人だと、彩香も胸を撫で下ろすのだった。左近は明日香に、歌舞伎の世界でトップを目指す。成功したら君を口説くと宣言する。杉野謙一も祇園へ。明日香の舞を楽しみながら、謙司と結ばせたいものだと考えていた。しかし総裁選を前に、謙一のスキャンダルをねつ造しようとする、亀田派の陰謀が…。

でっち上げられた杉野謙一と彩香のスキャンダル。俄然総裁選で不利になる謙一。梨奈は謙一と彩香がまだ繋がっていたことに怒り狂った。何とか二人を汚名から救おうとする明日香は、民力党亀田派の久保を誘惑し、貞操の危機に見舞われながら陰謀の証言を録音する。謙一はそれを使って、亀田総理と取引に出た。次の総理は鶴岡に譲るが、一期で辞めてその後に自分を就けること。条件を呑む亀田。しかしそのために、民力党京都府連の怒りを買った明日香は、悪い噂を流され、バッタリ座敷が掛からなくなってしまった。ひたすら堪えて、本を読み、知識を蓄えていく明日香。

謙一が謙司を連れて座敷に。明日香に礼を言って、謙司をこれから通わせると約束した。それを知って、怒る萩美。康平は明日香の売春疑惑を一笑に付して、明日香を励ました。級友を連れて祇園にやって来て、明日香を座敷に呼ぶ謙司。しかしその上の部屋で、亀田派の府連・鈴木が、萩美に明日香を祇園から追い出す謀議を持ちかけていた…。そんな折、日本の影のドン・猪郷精之介が祇園を訪れ、明日香を座敷に呼ぶ。代志乃の古いなじみでもあり、明日香に興味を抱いてやって来たのだ。猪郷は明日香を気に入り、これから通うことにする。一方萩美は鈴木から、謙司を祇園に通わせ、いつ来るかを連絡してくれと頼まれていた。