刑事課一係を率いる監視官・慎導 灼（しんどう あらた）と炯（けい）・ミハイル・イグナトフ。強く結ばれた二人の絆は正義と真実をめぐり揺らぎ始める。一方、事件の裏で暗躍してきたインスペクター・梓澤廣一は、公安局ビルへ単身潜入、システムをハッキングする。潜在犯を解放し、公安局ビルを完全占拠した梓澤は、職員を人質に取り小宮都知事の辞任を要求する。分断されてしまった灼と炯、刑事課一係の執行官達は本部の奪還、そして梓澤との決着をつけるため、行動を開始する――。劇場アニメを完全コミカライズ!!!

事件の真相を探るため、灼（あらた）は梓澤のメンタルトレースを開始。その最中、父親によって封印されていたシビュラシステムの正体、そして自身が免罪体質者であることを思い出した灼は梓澤の目的と事件の解決方法に辿り着く。灼を信じる炯（けい）は梓澤確保に動く外務省行動課・狡噛の足止めをするべく立ち塞がる。一方、公安局ビルから脱出しようとする梓澤の前に現れた灼は、ともに世界を統べるシビュラシステムの中枢へと向かう――。「機械仕掛けの神」が下す審判に、灼が選択する正義は――。劇場アニメ完全コミカライズ、堂々完結!!