茨城県つくば市に暮らす蔵式真夏は、剣道部に所属する女子高生。剣道での大学進学を考えつつも、漠然とその先の将来に不安をいだいていた。夏休み初日、真夏は水鳥川つむぎ（昆虫系動画配信者）と山路綾乃（オカルト、都市伝説好き）の友人二人と、補修を受けることに。そのさ中、突如、校庭に自衛隊のヘリコプターが着陸したかと思うと、さらに超大量の蟻が現れる！それこそが「グレイグー」の始まりだったのだ！『COPPELION』の井上智徳が放つ、女子高生SFパニックサバイバル！

ナノマシンが有機物を取り込んで無限複製を繰り返す現象、グレイグーが発生してしまった茨城県つくば市。鳥型や人型ナノマシンの群れをかいくぐって、ショッピングモールにたどり着いた女子高生の真夏、つむぎ、綾乃は、そこに避難していた同級生の弓月理々火と合流する。モールの屋上に救助にやって来たヘリに乗り込もうとする４人だったが、真夏たちにはナノマシンの疑いがかかっており、乗車を拒否されてしまう。理々火も含めた４人を残しヘリは飛び立つも、フクロウ型ナノマシンの襲撃を受けて墜落。乗っていた自衛隊員、避難者は全員、ナノマシン化してしまう…！

グレイグーの群れから逃れるため、つくばから東京を目指して常磐道を南下する真夏たちだったが、守谷サービスエリアに立てこもる、通称「警部」とその手下のゴロツキたちに理々火が捕縛されてしまう。真夏たちは理々火をなんとか助け出し、そのまま東京方面へ車で走るも、おりしも自衛隊のグレイグーに対する総攻撃が開始！ 彼女たちが渡ろうとしていた橋をミサイルが直撃していまい…！？

旧友である久遠がグレイグーの元凶！？友を信じる真夏たちはその真偽を確かめるため、再びナノマシンがはびこる、茨城へと戻る。久遠との思い出の場所である地元・つくばを目指す途中、樹木型ナノマシンに襲われて逃げ込んだキャンプ場には取り残された大学生たちがいた。周囲をガードしていたクエン酸が雨で流れ落ち、樹木型ナノマシンが大挙して襲い来る中、大学生の一人が犠牲になる。キャンピングカーで逃げようとした真夏たちだったが、傲慢なキャンプ場オーナーに車が乗っ取られてしまい…！？

ナノマシンと化した旧友・久遠と再会をはたした真夏たちは、実験の際に久遠から分離したナノマシンのAIである「ルネ」こそが、グレイグー現象の元凶であることを知る。強大な力でナノマシンたちを操るルネを、真夏たちは止めることができるのか！？