【デジタル版限定！「少年ジャンプ+」掲載時のカラーページを完全収録!!】新宿で体に穴が空いた後に宙に浮くという奇怪な現象が起こり、一人の男が死んだ。八年後、その男の息子である荒川ヨドミは元の日常を送れるようになっていたある日、父親宛に送られてきた箱を見つける。中身を確認すると突然意識を失い、目が覚めたヨドミはなぜか「透明人間（スケルトン）」となる能力を得ると共に、言葉を話す頭蓋骨と出会う。自らを山本と名乗る頭蓋骨が発した言葉、「私が君の父親を死に追いやった」――少年の止まっていた時間が動き出す。

謎の襲撃者によって連れ去られたヨドミは廃棄されたホテルへと到着し、そこで透明人間（スケルトン）の力を持つ「ギュゲスの会」と名乗る集団と出会う。集団の代表をしている多々良トオルの目的は「全人類の透明人間化」。現実離れした夢を語る多々良はヨドミにも協力を要請するのだが――!?　そして集団の中でただ一人、透明人間の力を持っていない少女・浬歩の影のある表情が気になったヨドミは…。

透明人間（スケルトン）組織「ギュゲスの会」に属する国雲ヘイジとの激しい戦いが続くヨドミ。組織から離れたいと願うヘイジの孫である浬歩のために山本と協力して決死のUB（ユニークブラッド）を使い、ヘイジに深手を負わせるが、ヨドミ自身も瀕死の状態になってしまう。はたして、少女の切なる想いは届くのか――!?　その後、透明人間対策室の増援が到着し、「ギュゲスの会」も姿を消したことで事態は収まるのだが、ヨドミの存在が対策室に知られてしまい…。

【ページ数が多いビッグボリューム版！】父の死の真相を知るために透明人間（スケルトン）対策室への協力を提案するヨドミ。対策室の橘との模擬戦を行うことになったヨドミは、国雲ヘイジとの戦いで得た知識「骨」の能力を使う。かつて父の事件を同級生に揶揄われ問題を起こして以来、夢想してきたヨドミのイメージは「骨」の力によって具現化し、対策室の人間も驚く展開になるが、勝敗は果たして――!?　模擬戦後にさらなる「骨」の能力を解明するため、対策室の協力の下で研究を行うことになったヨドミだが、新たに出会う対策室のメンバーは一癖も二癖もあり…。

【ページ数が多いビッグボリューム版！】ヨドミの協力もあり、「骨」の能力の研究によって戦力の強化を図る対策室。その間に世の中では「ギュゲスの会」による無差別な殺人事件が多発。犯行予告とともに各地で突発的に起こる最悪の事態を打開できずにいた対策室だったが、謎に包まれた「ギュゲスの会」の目的や犯行方法を知る手掛かりは鎧畑ショウコの過去にあった。そうして透明人間（スケルトン）同士の争いは重要な局面へと向かう。透明人間として戦うヨドミが最後に選んだ答えとは…。