西暦2205年。「歴史修正主義者」による過去への攻撃が始まった。歴史の改変を防ぐため、時の政府により「審神者（さにわ）」が過去に遣わされた。審神者によって励起されたのは、刀剣に宿る付喪神「刀剣男士」。彼らは歴史を守るため戦いへと身を投じて行くのだった。審神者から刀剣男士たちに出陣の命が下った。蜂須賀虎徹を隊長に加州清光、大和守安定、和泉守兼定、堀川国広、長曽祢虎徹という編成が組まれる。

歴史修正主義者の標的は――新撰組。沖田総司の刀であった加州清光と大和守安定、土方歳三の刀であった和泉守兼定と堀川国広、そして近藤勇の刀であった長曽祢虎徹。かつての主を目にし、動揺する刀剣男士たち。しかしそこに歴史修正主義者が率いる時間遡行軍の気配が迫る。時間遡行軍の目的が分からない中、大和守安定がとった行動とは――。