【デジタル版限定！「少年ジャンプ+」掲載時のカラーページを完全収録!!】「私立ユーカリの葉学園」に入学した新一年生・猫田悠一くん、部活は何にしようか思案中、不可解なクイズと不思議な美少女に出くわす。彼女の名は蟻ケ崎千歳、『放課後ひみつクラブ』の部長と名乗る。学園の隠された謎を解き明かすのが使命なんだとか…。何か放っておけない気持ちになった猫田くんは入部を即決、真実を求め、二人だけのクラブ活動開始へ…!?　蟻ケ崎さんと猫田くん、絶妙なコンビで贈る学園“ひみつ”コメディ開幕!!

【デジタル版限定！「少年ジャンプ+」掲載時のカラーページを完全収録!!】「私立ユーカリの葉学園」一年生の猫田くんは、不思議少女・蟻ケ崎さんと『放課後ひみつクラブ』で活動中。追試のヒミツ、学生バンドのヒミツ、学園祭のヒミツ、旧校舎のヒミツ…etc．蟻ケ崎さんにかかれば、なんてことない日常の出来事も、調べるにつけ、なぜか恐るべき真実に行き着いてしまう…！　蟻ケ崎さんをライバル視する先輩・黒薔薇さんも巻き込んで、今日も学園のヒミツをミッケる二人は大忙し…!!

「私立ユーカリの葉学園」学園祭最終日の夜、『放課後ひみつクラブ』の蟻ケ崎さんと猫田くんは、ある音を聴いたとたん次々と倒れる生徒たちを目撃!!　現場を立ち去る怪しい人影を追った二人が辿り着いたのは生徒会室。集団催眠を企て、生徒たちをゾンビ化する黒幕の正体は…!?　学園に潜む数多のヒミツをミッケる蟻ケ崎さんと猫田くん、次の相手は、漫画研究会、映画部、そして…!?

生徒会長から黒薔薇さんへ『放課後ひみつクラブ』解体の命が下る…。そして猫田くんへ風紀委員からの熱烈勧誘が開始！　はたして猫田くんの選択は？　一方、蟻ケ崎さんは謎の行動へ――!?　校歌の中の謎の歌詞、未来を予知するユーカリ・カルタ、プールの危険物質・ヌッ素の正体、学園の七不思議からUFOとの遭遇まで、新たな課題がてんこもり。蟻ケ崎さんと猫田くん、ミッケ・センスを磨いて続々ヒミツ・ミッケ!!