存在そのものが許されない魔女。魔女狩りを専門とする部隊・聖騎士団は、魔女の仕業とされる変死事件を追っていた。事件が起きている街で食事をしていた第二世代の魔女・アイナは、聖騎士団に見つかり攻撃を受けるが、戦闘に第三者が介入する…その者もまた魔女だった…

聖騎士団は事件の犯人であった魔女に倒されるが、アイナはその魔女に実力の差を見せつけ撃破する。アイナは、魔法により囚われていた聖騎士団を助け出し、その1人に「一緒に来ない？」と声をかける…

シャニがつかまったと思っている聖騎士団だが、助けを向かわせないと団長に聞き単独行動にでるカテリナ。魔法がシャニに対して全く使えず、アイナ達はしかたなく乗り物で移動するが、カテリナに見つかってしまう。問答無用で攻撃してくるカテリナに対し、交戦しようとしないアイナ、シャニの説得により…

シャニになぜアイナの魔法が効かないのか経歴を見ながら探るがわからず、列車で失踪事件が起きている町へと向かうが、魔女の結界にはまってしまう。何人か見知らぬ街で下車していき、二人もその人間を追いかけていくと、奴隷商と魔女が結託している町と気付き、町を壊すことを決意する。

奴隷商の街で魔女を探すアイナ達、奴隷商に誘導されて入った小屋の中で魔女に操られた少女と話す。元々は奴隷だったが最後に行きついた主人が魔女で、力を授かったことで、その力を人間への復讐に使っていた。魔導書を渡すから出て行けと言われるが、魔女を見逃さないと断るが、操られた町の人間に囲まれて絶体絶命のピンチに…

魔女セルスによって操られる人々に攻撃されているアイナとシャニ。セルスの位置を把握するために二手に分かれて攻撃をするが、セルスの位置をアイナが突き止め倒しに向かうシャニが捕まってしまう。しかしアイナの血によって助けられ…

毒を操る魔女と戦闘後、魔女の魔導書を開くとトラップが仕掛けられ、致命傷を負うアイナ。なんとか宿まで連れていき結界を春が、進行を遅らせるだけで完全に治療はできない。アイナを助けるため、シャニはアイナの知り合いの第一の魔女に助けを求めに行く…

アイナを救うためにオプリスに到着したシャニ。第一世代の魔女と会ったが人間と同じような生活をしていて孤児を育てていた。アイナを救うため魔女はアイナのもとへ向かう。その条件として、シャニは魔女の家に残されて子供たちの相手をさせられる…

アイナを助けに向かうクーア。そこへ第四支部の聖騎士達が現れ、子供たちを無理やり保護しようとする。シャニはクーアとの約束を守るため、聖騎士団を止めようとする。一方アイナのもとへたどりついたクーアは説教交じりでアイナを治し家に帰るが、そこには…

クーアの治療を受けて目を覚ますシャニは自分の不甲斐なさを嘆く。第四支部が人身売買を行っていると聞かされ、子供たちを取り返すために、クーアと共に第四支部に乗り込むことを決意するアイナとシャニ…