それは宇宙の果てからやって来た。人知れず母体に宿り、1981年7月7日午前7時、世界各地で寸文の狂いもなく、1万人もの産声となって同時に誕生した。そして1999年7の月。17歳のコトリと彼女に恋するゴジラは、自分たちの正体も知らぬまま、平凡な高校生活を送っていた。そこへ、奇妙な転校生・カリスが現れ、2人は自らの運命を垣間見たかのような戦慄を覚える。彼の額には、コトリの胸とゴジラの拳にあるソレと全く同じ形の、幾何学模様の痣が隠されていた…！