太古の昔、仏のつかいで天のいとなみを操る不思議な獣がいた。その名を【ヒウリ】。人里に降りて来ては雨を降らせたり干ばつを起こしたり、嵐を起こしたかと思えば瞬時に豊作をよんだりと、気まぐれな神獣だった。過去に一度だけこのヒウリの力を手に入れた人間がいたという。その者はヒウリから忍術の起源になったともいわれる力を分け与えられ、その驚くべき力によって人々を恐怖で震え上がらせたという…。時は戦国時代、戦乱の世では忍者の需要が増し、忍者にも様々な種族が存在した。伊賀、甲賀、神魔、風魔などいくつもの種族がひしめき合う中、忍者としては最下層の丙賀（へいが）一族は、ヒウリの力で究極の忍術を会得し、一族の名を不動のものにしようとする。丙賀忍者のゲン、葉月、ギンメ、姫丸、そして狼のシジマとその息子テツは、ヒウリの力を手に入れるため旅立つ。だが、ヒウリを狙っているのは丙賀一族だけではなかった！？伝説の神獣・ヒウリを追い、その力を手に入れようとする忍者たちの戦いを描いた壮大なシリーズ冒険活劇、《小源太編》第１巻（シリーズ全８巻）！

謎の神獣・ヒウリが持つ不思議な力を手に入れ、最強の忍術を会得するため、ゲン、葉月たち少年少女忍者は、大頭の指令でヒウリ捕獲の旅に出た。しかしヒウリを狙うのは丙賀一族だけでなく、他の忍者一族たちも同じことを考えていた。ライバルと戦いながらヒウリを追うゲンたち。ある日、ゲンは森の中で翼に怪我を負ったヒウリの子供を発見する。すぐさま捕獲し、子ヒウリをオトリに親ヒウリを呼び寄せる作戦に出る。だが、子ヒウリの怪我の手当てや世話をしたせいで、すっかり子ヒウリになつかれたゲンは、情が移ってしまいオトリ作戦をやめると言い出す。目的のためなら手段を選ばないのが忍者だ…冷酷に告げる姫丸に対しゲンは猛反発…。一方、ゲンたちが子ヒウリを捕獲したことを知った神魔たちは、密かに子ヒウリを奪おうと企てていた。そして、ゲンと姫丸が内輪モメしている間に、神魔の奇襲が！！　伝説の神獣・ヒウリを追い、その力を手に入れようとする忍者たちの戦いを描いた壮大なシリーズ冒険活劇、《小源太編》第２巻（シリーズ全８巻）！

ゲンは子ヒウリを敵襲から守り、ヒウリのもとへ返した。だが、子ヒウリを狙う霧刃（キリバ）一族襲撃で、ゲンは瀕死の重傷を負ったのだが、目の前に突然ヒウリが現われ、次に気がついたときにゲンは不思議な力を身にまとっていた。体は宙に浮き、勘は冴えわたり、狼のテツとも会話ができた。もしやヒウリの力！？　だが、ゲンはまだ自分の思うように力をコントロールすることはできないでいた。大頭の紹介で、ヒウリに詳しい松宗寺の慈風道人というお坊さんを訪ねたゲンたち。どんな立派なお方かと思いきや、かなりの変わり者だった。そしてゲンたちは近くの村で自らをヒウリのつかいと名乗る怪しい輩・ヒウリ大僧上という男に出会う。村人はこの男の催眠術によりすっかりだまされていた。村でただひとり、大僧上に反発する竹蔵は、領主のつかいに捕えられて連れ去られてしまう。竹蔵の救出に向かうゲンだったが、突然ヒウリの力が宿り、その恐ろしいほどの力が暴発してしまい…！？　伝説の神獣・ヒウリを追い、その力を手に入れようとする忍者たちの戦いを描いた壮大なシリーズ冒険活劇、《小源太編》第３巻（シリーズ全８巻）！

ゲンの武器であるカマにヒウリの力が宿り、その力が暴発すればゲンには抑えることができないほど危険な状態になっていた。しかし慈風道人の能力によって、その力はゲンでも扱えるように適度に鎮められた。そのカマは《毘沙鎌》と名づけられ、ゲンたちのヒウリを追う旅は続くのであった……。《毘沙鎌》の噂を聞きつけた他の忍者一族はさっそく、《毘沙鎌》を手に入れるため動き出した。当然、霧刃一族も《毘沙鎌》を狙っていた。ある夜、姫丸の前に霧刃の刺客が現われる。剣を交えたその敵はかなりの強者で、どこかで見覚えが…？　それは姫丸の幼なじみで、忍者として独り立ちするために丙賀を出て行った女・小鈴だった！　よりによって霧刃にいるとは…。昔は同じ里でともに修行に励んだ良きライバル同士が、いまは互いに敵となり殺し合わなければならない。姫丸に与えられた辛い試練…。そして静寂の夜に２人の決戦が始まろうとしていた…！　伝説の神獣・ヒウリを追い、その力を手に入れようとする忍者たちの戦いを描いた壮大なシリーズ冒険活劇、《小源太編》第４巻（シリーズ全８巻）！

ゲンが持つヒウリの力が宿ったカマ・《毘沙鎌》を執拗に狙う霧刃一族。霧刃首領の霧峨は、ゲンたちを何度も追い詰めながらも、とどめを刺さずに生かし、逃してきた。この霧峨の不可解な行動には何かワケがあるのか…？　謎を解くため、ついに霧刃への侵入を決意したゲンたちだったが、その矢先に葉月とテツが霧刃側に捕らわれてしまう。救出に向かったゲンとギンメは、霧刃の守護神で我こそがヒウリと名乗る化け物に遭遇する。こいつがヒウリ？　霧刃もまたヒウリの力を手に入れていたのか！？　そんな中、何故か霧刃内では首領である霧峨を討ち取ろうとする反乱が起こる。ワケがわからぬまま、霧峨と一緒に霧刃一族と戦うゲンたち。一方、地上では日蝕が起こり、これを機に霧峨が動く。「ヒウリが日輪を掴みし時、邪悪な力弱まりて…」。そう言ってヒウリに似た化け物に向かっていく霧峨。霧峨の本当の目的とともに、ヒウリの謎が少しずつ解き明かされようとしていた！！　伝説の神獣・ヒウリを追い、その力を手に入れようとする忍者たちの戦いを描いた壮大なシリーズ冒険活劇、《小源太編》完結の第５巻（シリーズ全８巻）！