人や動物が突如として変異体『バグ』に変貌し、日常生活を脅かしていく世界。その脅威の鎮圧には「人と動物の優しい記憶」が有効であるという。世界各国の政府は生存戦略のため、かけがえのない大切な記憶を共有しながら育った、人と伴侶動物とのペア達を精鋭部隊に起用して『バグ』鎮圧に立ち向かう。動物を愛する全ての人々に捧ぐ、記憶と絆の物語。

特殊記憶部隊『Biophillia Effects （略称 BFX）』に所属する月城東斗とアラスカンマラミュートのヒュプノニクスであるコウガは、バグが多発している地域の調査をしていた。その休憩中にポメラニアンと散歩をする少女に出会う。少女との他愛ない会話から、コウガとの出会いを思い出す、東斗。そんな長閑な昼下がりを切り裂くように、事件は起こる。【第1話を収録】

月城東斗とコウガの元に、天才幼女の同僚である胡桃沢憂以と、サバンナキャットのヒュプノニクスであるフクヲが来訪する。憂以とフクヲはフクヲの猫友達の様子が常軌を逸しているため、東斗にその猫のキオクにシンクロして欲しいと捜査協力の依頼を持ちかける。東斗がその猫のキオクを覗くと、飼い主に抱くある想いに深く囚われていたのだった。【第2話を収録】

多発する大型バグを警戒し、月城東斗とコウガは幼馴染の雪平桜輔とリューシスティックキングコブラのヒュプノニクスであるセイシュウらと一緒に巡回をすることになった。しかし巡回の最中に東斗が突然意識を失って倒れる。目を覚まさない東斗を救うべく、コウガ、桜輔、セイシュウは東斗の深層心理（ディープ）にダイブすることになった。【第3話を収録】

月城東斗の昏睡状態中に発見した新たな異変に気付いた東斗とコウガ。自分たちが何者かに狙われていると考えたコウガは、東斗を守るために別行動をとりその謎を解明しに行く。一方BFXに保護された月城東斗は、蓮海宙やワシミミズグのヒュプノニクスであるツヅラと偶然出会い会話をするが、その後状況は一変する。【第4話を収録】

月城東斗の昏睡状態中に発見した新たな異変に気付いた東斗とコウガ。自分たちが何者かに狙われていると考えたコウガは、東斗を守るために別行動をとりその謎を解明しにいく。森園寿太郎やネザーランドドワーフのヒュプノニクスであるライキの協力を得て辿り着いた新たな事実。そしてその先にある何かが今、動き出すのであった。【最終話を収録】