腕っ節は天下一品、冷静沈着・篠北礼子と江戸っ子姉ご肌・矢島順子。彼女たちは千代田一の名門校、三葉学園の理事長から風紀を乱す「関東番長連合」の一掃をしてほしいとの依頼を受ける。しかし転入したやじきたコンビを待ち受けていたのは番長連合だけでなく、裏に潜む謎の影だった…。総長の徳也雪也、謎の従者・各雲斎小鉄、八丁堀の大門、四天王の一人・緑川、青菱の菊千代、そして姿の見えない葵上総介。個性派キャラクターが繰り広げる学園捕物帳第一巻、ここに見参!!

名立たる武道奨励学校である桜華台高校。ここでは晴らせぬ恨みを晴らしてくれるという「必殺伝説」と呼ばれる謎が語り継がれている。乗り込んだやじきたコンビだが、生徒会長姉小路白妙はキタさんに鋭い視線を送る…。外には口外されない伝説、合同武道大会に向けて熱くなる生徒たち、そして小鉄の血兄弟・剣持狭霧の登場！謎が渦巻く第二巻は「それからの千代田」「必殺編」を収録！

襲撃を受け倒れた白妙、何かに脅える狭霧、勝取と中村の過去…。白妙の代わりに鍛錬に参加したやじきたコンビだったが、キタさんは狭霧に、やじさんは飯田の部下・本郷に襲われる。何故、狭霧が!?本郷の目的とは!?桜華台高校に潜む謎が浮き彫りになる！

第一高ＶＳ第二校、合戦開始!!素手で猛攻撃をかけるやじきたコンビは早々に敵陣に乗り込み、大将戦を引き出した。盛り上がる戦場の背後では、必殺伝説が動き出していた…！伝説の秘密が明るみに、「必殺編」完結！そして美少年シモーンと謎の青年ハーディが登場「用心棒編」を収録。

ハーディの人質となったシモーンを救出したやじきたコンビ。学院の裏山ではクィーン対ハーディの乱闘が始まり、二人は学院の防波堤となって拳を振るう！「用心棒編」完結、そしていよいよ「箱根編」に突入！やじさんは女らしく（？）なるために、キタさんは義理の妹を守るため、一路箱根は竜神高校へと向かう!!

「兄貴は無実だ、なんで誰も真実を教えてくれないんだ！」周りに対する不信感から不良を装う千乃介、器量不足の松坂に従う隼人たち、冷静な模範生・池上、湯本に現れた少年院に服役中のはずの一乃介…。謎を秘めた彼らの行動、そして箱根に忍び寄る“くろうとさん”たちが追うものとは！？

秘密帳簿をめぐって竜牙会に捕らわれた一乃介。やじきたコンビは竜神高校を仕切ると宣言し、隼人と対峙する！彼らが必死で隠す秘密とは…!?そしてキタさんに迫る松坂、“ビョーキ”はこれが根源!?嵐の予感を漂わせ、「箱根編」中盤へ突入!!

学生を使って拳銃をさばく竜神会…。一乃介を救うため、パトカーの制止を振り切り小田原港に向かったやじきたコンビだったが、一乃介は片桐刑事に助けられるも、その手を蹴散らして再び逃走する。そして、竜神会と対峙したキタさんの背に…!!命張って通すは“任侠道”、やじきた節炸裂の「箱根編」クライマックス！

やじさんは単身、竜牙会に捕らわれた美鈴とネガを交換するため芦ノ湖へ向か う。一乃介はシゲルが滞在するホテルへ、千乃介は真実を知る為、松坂を 呼び だす…。窮地に立たされた竜牙会、ジリジリと追い込まれる丸全製鉄、そして紫 室兄弟と池上との関係。「箱根編」ここに堂々の完結!!

不良なんて人種は皆無、全校生徒の夢は体育館を立てること。そんなのどかな日光は太郎山高校に転校したやじさんが教室に入るや否や目に飛び込んだ のは実によく知る顔、キタさん。やはりやじきたコンビの行くとこ出るとこ大騒動が待ち構える！美しき日光の情景と共にとやじきた節が光る「日光編」スタート!!