時は二十年以上前ーー。突然現れた『異星生物』により地球は侵されていた。 S級天才覚醒者の「剣一」は、地球に結界を張る任務を遂行していた。 「小剣聖」の異名を持っていたが、何者かの手で結界が破壊され、「大剣聖」の 父も殺害されてしまう。剣一の命にも危険が迫る中、目覚めると未熟な覚醒者に変わり果てていた…。 最弱F級になった少年は己を再び高め、黒幕にたどり着き倒すことを決意。 父の仇を取り、この星の平和を守る冒険が始まる！