20××年、東京。地球温暖化を食い止めるため、さらなる緑化運動が求められる時代。東京に住む少女・ユイに会いにきたアキラは、突然の停電で地下鉄内に閉じ込められてしまう……。ようやく地上に出たアキラが見たのは、巨大化した植物が人間達を襲う、想像を絶する光景だった……。

植物に支配されてしまった東京。ユイとの約束を守るため、戦うと決めたアキラは、武器を求めて、イワトビ達と地上へ向かう！　巨大植物が活動を止めた静かな夜……そこには、アキラ達を狙う圧倒的な恐怖が潜んでいた!!

植物に支配され、絶望の世界へと一変した東京。戦うための武器を求め、アキラ達は凄腕の武器職人・シラトリのもとへと辿り着く！　謎の男・ナノとの出会い。そして、イワトビの不吉な予言……。運命の夜、絶望を運ぶ虫は群れをなしてやってきた……。

イワトビの予言通り、巨大蚕の大群に襲われ、地獄と化した秋葉原。鼎の武器で応戦するアキラ達だが、新人類率いる大量の巨大蚕達になす術もなく……。目の前で、次々と殺されていく仲間達。明らかになる、イワトビとアキラの関係。怒りと絶望の淵から、怒濤の反撃戦が開幕！

人類敗北の未来を変えるため、過去にやってきたイワトビ。彼の作戦で、巨大蚕を操る新人類を倒したアキラ達だったが、それは新たなる恐怖の序章にすぎず…。壮絶な戦いの結果、アキラは!?　第1章、完結――そして、アキラと離ればなれになった少女・ユイの戦いを描く新章、開幕!!

謎の巨大樹が放つ“死の花粉”による感染で、パニックに陥った練馬駅。“できそこないの新人類”へと変貌した感染者が次々とユイ達に襲いかかる！　人々の猜疑心を煽り、ユイを狙う龍康殿の思惑…。絶体絶命の時、ユイの前に現れたのは──!?　アキラとユイの物語が交錯する、新展開!!

“死の花粉”に感染した仲間を救うため、ワクチンの素材を探して、巨大樹へと辿り着いたユイ達。植物が動き出す日の出まで、あと2時間──。最奥の“繭”へと急ぐが、“ウィッカーマン”が行く手を阻む！　そして、決死の前進を続けるユイ達の背後には、さらなる脅威が忍び寄っていた…!!

“死の花粉”に感染し、行方をくらませたアキラは理性を失った殺戮マシーンと化していた。“ウィッカーマン”となり、暴走するアキラをユイは救うことができるのか…!?　イワトビに明かされた、タイムマシンの真実！　さらに、植物との戦いは新たな局面へと突入する！　絶望と希望、未来と過去…世界を救うためいま全てが一つに繋がる。運命の完結編!!