『攻殻』最新シリーズ始動!! 戦闘型サイボーグのバトーが、まだレンジャー部隊で活躍していた時代。内戦がつづくクザン共和国に外務大臣救出の任務を帯びて送り込まれたバトーが、ある女性と出会う。501機関所属の草薙素子。それは、攻性部隊「攻殻機動隊」が誕生するきっかけとなる運命の出会いであった。

新シリーズに突入!　レンジャー部隊のバトーは501機関所属の草薙素子と戦場で繰り返し邂逅した。時に背中を預け、時に撃ち合い……。そして、終戦を迎え、1年。バトーのレンジャー時代の同僚・ヌカワが殺害される。その犯人を元陸軍調査部・イシカワ、元レンジャー・ボーマと共に追うバトーの先には再び、草薙が！　ついに“攻殻機動隊メンバー”の対決が幕を開ける!　アニメでは描かれていない設定がバトー目線で明らかになる！

アニメでは描かれない設定がバトー目線で明らかになる！　バトーの報復劇が完結!!　草薙はついに『攻殻機動隊』結成に向けて始動する。そんな中、バトーが慕う高潔な軍人で英雄との呼び声も高いソガ大佐に極刑判決が下されようとしていた。バトーは作戦は遂行できても、救うべき命を失った数々の作戦での自責の念にかられる。今、目の前にあるソガ大佐の命を救うため、無実を証明するために動きだす。

無実の罪で死刑判決を受けたソガ大佐を救うため、バトーやイシカワが立ち上がる！　決死の覚悟で軍事機密「パンドラ」にアクセスして、真実を明らかにしようとするバトーたちだが、その前には少佐とロジコマが立ちはだかる!!　バトーVS.少佐の因縁の戦いが始まった!!　果たして「パンドラ」に眠る真実とは!?　驚愕の結末が待っている!!

草薙素子（くさなぎ・もとこ）のもとで攻性の特殊部隊としての活動を始めたバトー。西ノ内で発生した水協定会議を狙った爆破テロ事件の捜査にあたる。一方、郊外のダムでも爆破事件が発生し、トグサが独自に捜査を始めた。2つの爆破事件の背後には、戦争の英雄と称されるスクラサスの影がチラつく。実態の見えない英雄の影を追ううちにバトーとトグサは、驚愕の真実にたどり着く。バトーの恋愛模様も描かれるマーメイドシリーズ、完全収録!!

クリスマスの夜、警察機動隊が水の売買協定に反対するデモに参加していた市民を射殺する事件が発生した。超法規的特務権限のある正式な部隊の設立を目論む素子（もとこ）は、事件を解決して、自分たちの力を証明するため、全力で捜査にあたる。ただ事件の背後には情報部などの巨大な力がうごめき、邪魔をする素子に逮捕状が出される！　攻性の特殊部隊「攻殻機動隊」結成直前の人気シリーズを完全収録!!

士郎正宗の原典に繋がる部隊結成までの前日譚、ついに完結!!　正式な部隊になる前の最後の任務にあたるバトーたち。和平会談のため、クザン共和国のニロイ元首相をカルディスの長老たちの元へ送り届けようとする。しかし目の前には、ニロイの命を狙うゲリラ兵として“バトーの息子”が立ちはだかる。荒くれ者たちが集まった攻性の特殊部隊「攻殻機動隊」はうまく機能するのか!?