野球名門校の三軍選手となった大場球人（おおば・きゅうと）ら部員達が、科学トレーニングで秘めた能力を引き出し、甲子園を目指す熱血野球コミック。神奈川県大会で優勝した若木中のエース・大場球人は、全国の有名選手が集まる野球の名門校・美咲台高校へ入学する。そして意気揚々と野球部に入部した球人だったが、学校からスカウトされていないため三軍行きになってしまい……!?

美咲台高校一軍チームとの対抗試合で惨敗した大場球人（おおば・きゅうと）ら三軍チームは、一軍を倒して甲子園を目指そうと団結して、三軍監督・田原（たはら）の科学トレーニングを受ける。そして三軍メンバーが、ゲームのようなトレーニングを楽しんで取り組む中、一軍に絶対打たれない球を投げるための特別トレーニングに励む球人は……!?

三軍監督・田原（たはら）の科学トレーニングで生まれ変わった大場球人（おおば・きゅうと）ら三軍は、再戦した一軍から１点リードしたまま、９回表の一軍の攻撃を迎える。その時、一軍の気迫によりエラーを招いてランナーを出した三軍だったが、キャッチャー・小山（こやま）が好判断で盗塁したランナーを刺して一軍をツーアウトに追い込む。そして一軍最後のバッター・峰島（みねしま）と対決した球人は……!?

美咲台高校を代表して甲子園大会地区予選に出場した大場球人（おおば・きゅうと）ら三軍チームは、２回戦で激突した天才投手・細木（ほそぎ）のいる大星学園に１点を先取されてしまう。そして０点のまま９回表の攻撃を迎えた球人達は、動体視力を鍛えた佐々木（ささき）がクリーンヒットで出塁する。その次の打者である球人は、細木のナックルを攻略するため１.５秒のリズムを体に覚えさせ、初球を狙っていき……!?

甲子園大会地区予選準決勝で、強豪・横田高校と対決した大場球人（おおば・きゅうと）ら美咲台高校野球部三軍は、７回表でパワフルな横田高打線に逆転されてしまう。しかしそんな窮地に陥ってもマイペースでプレイする球人達は、科学野球の成果を見せて８回裏で逆転する。そして横田高の最後の攻撃で投球をミスした球人は、ホームランを打たれてしまうのだが……!?球人ら三軍チームは甲子園に行けるのか？科学野球が巻き起こす奇跡に感動する完結巻。