人間に取り憑く“魔性”を倒す闇猫（ダークキャット）の影崎標意（かげざき・ひょうい）とその弟分・留意（るい）の活躍を描いた学園妖奇ホラー。喘息で欠席がちだった中学生・愛美（あいみ）は、登校した時、想いを寄せる幼なじみ・宏紀（ひろき）へ声をかけるが冷たくされる。そして掃除の時間、不吉な噂がある白蛇塚に近づいた転校生・影崎標意は、白骨化した死体を発見して……!?

想いを寄せる太田（おおた）の胸像を作り上げた美術部員・秋本（あきもと）は、その出来を部員・松尾（まつお）から誉められる。その後、魔性との戦いで負傷して猫になった影崎留意（かげざき・るい）は、通りかかった秋本に拾われて手当を受けるが、彼女から何かを感じ取る。そして太田に送ったラブレターを皆の前で馬鹿にされて絶望した秋本は、松尾に唆されて太田の胸像を切り刻むのだが……!?

妹・このみの力を借りて女子高校に潜入した影崎留意（かげざき・るい）は、友達と下校途中に、釘を踏み抜いて足を怪我した優等生の先輩・山藤（やまふじ）を助ける。その後、山藤の屋敷に招待された留意たちは、山藤がガリ勉少女・二ノ宮（にのみや）から呪いを受けていると知らされる。そして二ノ宮の身辺を調べていた留意は、二ノ宮に飼われる黒猫が標意（ひょうい）だと気づくのだが……!?

両親を惨殺した中学２年生・隆一（りゅういち）の事件を担当する刑事・小野寺（おのでら）は、事件後に隆一と電話で話した自分の姪で登校拒否児の亜弓（あゆみ）から、すべての原因である東郷中学を調べてほしいと頼まれる。その後、隆一の友人だと名乗る影崎標意（かげざき・ひょうい）と留意（るい）に声をかけられた小野寺は、隆一の体の変調を気をつけるように言われるのだが……!?

クラスの皆からいじめられる女生徒・みどりを助けた影崎標意（かげざき・ひょうい）は、不敵に笑ういじめの首謀者・御陸景介（みろく・けいすけ）に何かを感じる。その後、理科室の実験用ネズミを盗んだ犯人に仕立て上げられたみどりは、標意から「負けるな」と元気づけられるが、体に異変が生じる幻覚にとらわれる。そんなみどりの様子を偵察した景介と対峙した標意は、彼が魔獣使い御陸一族の末裔だと気づくが……!?

御陸一族の長・御陸無境斎（みろく・むきょうさい）の野望を阻止すべく無境天地教団本部へと乗り込んだ影崎標意（かげざき・ひょうい）と留意（るい）。その時、標意の息の根を止めようとした無境斎は、闇猫としての標意を存在させないため、標意が闇猫になる以前の時代に魔性を送り込む。そしてそれを阻もうと魔性に掴みかかった留意は、魔性とともに過去へ飛ばされて……!?

闇猫になる前の影崎標意（かげざき・ひょうい）である白虎隊士・喜多川勇記（きたがわ・ゆうき）を魔性から助け出した留意（るい）は、勇記が闇猫になるのを見届けようと白虎隊士となって戦場へ行く。一方、重傷を負った影崎有浄（かげざき・うじょう）は、宿敵・御陸乱堂（みろく・らんどう）との最後の戦いに、命を賭して挑んでいくのだが……!?

一番の友達だった美穂（みほ）が心霊クラブに傾倒してしまい、淋しく感じる女生徒・大嶋（おおしま）あかり。一方、卒業にあたってムカツク教師・萩本（はぎもと）への報復を考える不良少年・浅野（あさの）達は、あかりの名を使ったラブレターで萩本をおびき出そうと計画していた。そしてその計画を偶然聞いてしまったあかりは、浅野らによって数年前に自殺があったという美術準備室に閉じ込められてしまい……!?

友人・里花子（りかこ）からの電話を受けた亜弓（あゆみ）は、彼女の行方を探すため家を飛び出す。その後、里花子の居場所を感じ取って喫茶店に入った亜弓は、そこでボーイフレンドの雅弘（まさひろ）と里花子、そしてたくさんの無境衆を連れた御陸景介（みろく・けいすけ）と出会う。一方、無境衆となった平山（ひらやま）に実家を襲撃され、実の妹・真紀（まき）を連れ去られた影崎留意（かげざき・るい）は……!?

影崎標意（かげざき・ひょうい）が姿を消して五年後、高校教師となった亜弓（あゆみ）は、その学校の問題児・天竜寺央（てんりゅうじ・おう）が闇猫だと気づく。その後、御陸景介（みろく・けいすけ）の配下である闇猫・ゆりあと接触した天竜寺は、無境衆に仕組まれて警察から追われる身となってしまい、景介が学園長を務める無境学園へ連れて行かれるのだが……!?