戦国時代を舞台に、自己流忍者・阿仁丸（あにまる）が、忍術の秘伝書をめぐって仲間達と冒険の旅に出るアクション時代劇。本格的に忍者修行するため飛騨の里へやってきた少年・阿仁丸は、風魔忍群に追われるモミジと小源太（こげんた）を助ける。そして秘伝書を狙う風魔に飛騨の里が燃やされたと知った阿仁丸は、里の秘伝書を託されたモミジ達と行動する事に。しかし阿仁丸の前に、風魔妖忍衆のクグツ鬼道（きどう）が現れて……!?

伊賀の里で下忍の子供達と忍者修行に励む阿仁丸（あにまる）は、重傷の伊賀忍者を見つけて、風魔だけでなく織田信長（おだ・のぶなが）の大軍勢が、伊賀へ向けて進撃を開始したと知る。そして伊賀の三大上忍である百地（ももち）から、忍法の極意の謎かけとともに秘伝書を託された阿仁丸は、その後、風魔空忍・天狗法眼（てんぐ・ほうがん）との空中戦に翻弄されながらも百地の言葉を思い出して……!?

水大仙書の眠る秘宝島を守るため、風魔へ戦いを挑んだ波美姫（なみひめ）と備前忍者達。そんな波美姫に助太刀しようと船“忍者丸”を作り上げた阿仁丸（あにまる）達だったが、波美姫はドド彦（どどひこ）と風魔海忍に敗北して囚われてしまう。その後、ドド彦に水中へ引きずり込まれた阿仁丸は、思いがけず神仙道を発揮してドド彦を倒すのだが……!?