巨人軍の波原豪は非凡な才能を持ちながらも、病魔にむしばまれ極度のスランプに陥っていた。休養を兼ね、妹・民江が嫁いだ会津若松のバット工場を訪れた波原は、妹の夫でバット職人の南城丈太郎に新しいバットの作成を依頼する。後日、出来上がったバットを届けに民江は息子・隼人を抱いて上京するも、波原はすでに死の床にいた。病院へと向かった民江だったが、その途中で交通事故に遭いかえらぬ人となってしまう。幸いにも隼人の命は助かった。…3年後、バット職人として天下をとるために丈太郎は隼人を連れて上京する。

丈太郎の作るバットは、川上選手をはじめ多くのプロ野球選手に愛用されるようになった。だが、その矢先南城バット工場のとなりにバットを大量生産する東郷運道具会社ができた。社長の東郷は、南城印のバットがプロ野球選手たちに人気があるのをねたみ、あらゆる手段を講じて南城バット工場を潰しにかかる。東郷の嫌がらせにも負けず黙々とバット作りに励む丈太郎だったが、ある時体の不調を訴えて倒れてしまう。

東郷の悪巧みによってバット工場を潰されてしまった丈太郎は、東郷運動具会社で働くことに…。息子・隼人のためにバット作りを封印し、守衛として働く道を選んだのだ。そんな折、立教大の4番として活躍する長島が丈太郎のもとを訪れる。新記録を目の前に足踏みする長島のために丈太郎は2年ぶりにバット作りを再開する。一方、隼人は工場を潰された時会津に戻ったはずの丈太郎の愛弟子・デブ松と再会する。

バット作りを再開した丈太郎は、世話になった東郷のために東郷バット工場の後継者を育成しようと数名の職人を集めるが、丈太郎の目にかなう者はなかなかいない。そんな中、ウスノロなノロ谷こと谷丘民夫が丈太郎の目にとまる。一方、野球に対して強く興味を持ち始めた隼人は、父に内緒で草野球チームに参加するようになる。自分の後継者としてノロ谷を育て上げた丈太郎は、南城バット工場の再建を誓い隼人を連れ東京から姿をくらます。

中学3年生になった隼人は、プロ野球選手になるため高校に進学して野球をやりたいと父・丈太郎に告げる。だが、息子がプロ野球という厳しい荒波にもまれることを心配し、丈太郎は猛反対。その矢先、重い心臓病を患い丈太郎は入院。この父の病気をきっかけに野球をやめバット職人になることを決意する隼人だったが、その心から野球が離れることはなかった。そして、息子の気持ちを知った父は…

南城丈太郎は意を決して最後のバット製作に取りかかった。病院に戻って欲しいという隼人の言うことも聞かず、命を削るように黙々とバットを作り続ける。「野球をやりたきゃ野球をやれ！ただし今日の父を忘れるでないぞっ。魂のバットを作る父の姿を！」ついに魂のバットが完成するも、この言葉を最後に丈太郎は絶命する。突然父を失い途方に暮れる隼人だったが、竜動寺の和尚・城之内輝に声をかけられる。城之内は全国の中学校から野球の才能に優れた生徒を集めて入試の特訓をはじめようとしていた。

名門・中将学園を受験した南城隼人は、両親がいないことが原因で受験資格を失いそうになる。そんな折、かつて父の片腕として働いていたデブ松が戻ってきた。何とデブ松は日本一のデパート・織田百貨店の専務になっていた。デブ松は早速隼人の後見人になり、合格のための手助けをする。さらに、織田百貨店の専務を辞めたデブ松は南城バット工場を再建し隼人と共に生活を始める。ある時、織田百貨店社長の娘・令子がデブ松を訪ねてくる。実は二人は婚約していたらしい。一方、中将学園に合格した隼人を含む9人は、私設チームをつくり中将学園野球部との試合に挑む。野球部には東郷真樹がおり、再びライバル対決をむかえることに…

南城隼人らが所属する私設チームに新コーチとして谷丘鉄心がやってきた。谷丘は隼人がかつて所属していた草野球チームの監督をつとめていた人物で、恩師だった。谷丘は突如隼人らに休みを与え、これまでに学んだ野球以外の特技により一層磨きをかけるよう命じる。空手に磨きをかけるため中将学園の空手部に乗り込んだ隼人は、野球部の監督・椿が空手の達人であることを知り、教えを請う。だが、それを知った私設チームの監督・城之内は隼人にチームから去るよう告げる。その頃、真樹は椿と城之内が同一人物ではないかと疑い、二人について調べ始める。

城之内和尚の正体は、椿監督が一人二役で演じているものだという事実を知った隼人はショックを受ける。たが、なぜ椿が私設チームなどを作り中将学園の野球部を乗っ取ろうとしているのかが分からなかった。そのために乗っ取りをかけた野球部との試合に出ることを拒絶する…が、東郷真樹から椿の真意を聞かされた隼人は試合に出ることを決意。そして、ついに私設チームVS野球部の試合が幕を開けた！

乗っ取りをかけた野球部との試合で、隼人の重いボールは次々と選手のバットを折った。だが、そんな中折れないバットがあった。何とそれは父・丈太郎が残した南城印のバットだった！これに動揺した隼人は急に制球を乱し、あっという間に5点を取られる。デブ松は亡き父・丈太郎が最期に残した魂のバットを見せ、父の代わりに隼人に喝を入れる。元婚約者の令子が病気で倒れたことを知ったデブ松は、令子を取り戻しに向かう。