戦艦「大和」を阻止せよ!!!　日本の未来を1人の数学の天才が変える!?　時は1933年。日本海軍の中枢・海軍省の会議室で、次世代の旗艦を決める新型戦艦建造計画会議が開かれ、2つの陣営が設計採用を争う事に。これからの海戦を見据え、高速の小型戦艦を打ち出す“航空主兵主義”派に対し、海軍内で権力を握る“大艦巨砲主義”派の計画は、世界でも類を見ない超巨大戦艦の建造だった――!!

戦艦「大和」は無駄か!!?　超巨大戦艦建造計画VS.数学の天才!!　山本五十六ら“航空主兵主義”派は、対立陣営が計画する戦艦「大和」の異常に安い建造費の謎を解き明かすべく、帝大きっての数学の天才・櫂直を海軍に主計少佐として引き入れる。味方も資料も情報も不足する状況の中、櫂は誰も思いもつかないような解法で真実に迫っていく。日本海軍の未来が決まる第2回会議まであと僅か――!!

海軍省の会議室で始まった新型戦艦計画決定会議。戦艦「大和」の真の建造費を導き出した櫂直（かい・ただし）は、対立陣営である大艦巨砲主義派の不正を糾弾。それを皮切りに両陣営はヒートアップ、罵詈雑言が飛び交う事態に。さらに櫂の主張に平山（ひらやま）造船中将が徹底抗戦!!　戦艦「大和」採用か否か。二人の一騎打ちの末に待つ結末は――!?

水雷艇転覆事件に端を発する海軍全艦艇の改修事業。その総指揮を執る事で海軍内での発言力を増した平山造船中将は、櫂に白紙に追い込まれた戦艦「大和」計画の復活を目論む。それを危惧した櫂直は、海軍内で蔓延る大艦巨砲主義そのものを無くすべく、高性能な新型戦闘機の開発に参画する。そして山本五十六仲介のもと、三菱の設計士・堀越二郎氏と出会うが……。

堀越二郎氏に対抗する戦闘機を航空廠で製作するため、10日以内に中島飛行機製の発動機の提供許諾を得たい櫂だが、中島にはあっさりと断られてしまう。そこで櫂は、中島と懇意にしている陸軍の力を借りることにし、旧知であった外務省の丹原を介して、東條英機や永田鉄山らに謁見する。そこには陸軍のキレ者達との心理戦が待ち構えていた!!

いよいよ本格的に始まった航空廠での戦闘機製作。櫂は中島の設計主務・小山悌氏の設計理念に刺激され、搭乗員の安全を重視した設計への変更を決意する。しかし、そこには時間や人員の不足、技術的な課題など数々の難問が山積みであった。理想と現実の間で葛藤する櫂は、果たして最良の戦闘機を完成させることが出来るのか――!?

性能試験と模擬空戦の二日間で採用機を決めるという山本五十六の号令に、現場は大混乱。調整が不十分な櫂たち航空廠チームは、二日目の模擬空戦に全てを賭ける事に。しかし、最大のライバル・三菱の搭乗員は、八神が一度も勝てなかったかつての鬼教官だった!! 海軍の未来をも左右する九試単座戦闘機を決める戦いの行方は如何に――!?

一度は三菱機に決まりかけた九試単座戦闘機の制式採用だが、櫂の機転で空母「赤城」への着艦試験が追加され、決定は持ち越しに。櫂たちはそこに逆転採用への望みを託す。迎えた試験前日、櫂は前乗りした「赤城」でドイツ人数学者シュバルツと出会い、彼から知り得たドイツの情報と技術に衝撃を受ける事に……。櫂の中に新たな考えが生まれ始める中、衆人環視のもと、最後の試験が始まる!!

櫂はマル３計画には不必要な船渠の拡張工事が行われていると聞き、それを確かめるべく呉へと向かう。そこで見たものは「大和」建造のためとしか考えられないほど大規模な工事だった。不正の追及をするために、櫂は平山に直接対決を申し込む!!

平山の「大和」を止めた櫂は、海軍省を辞める決意をする！？しかし、それを時代が許さなかったーー！！陸軍省への突然の討ち入り事件をきっかけにして、日本は戦争へと傾倒してゆく。その時、櫂はとある決断をするのだったーー。