地味で内気な中学生・春野かすみ。ある日彼女の元に、海外で行方不明になった父親から“指輪”と“鏡”が届く。その指輪をはめて鏡をのぞくと、髪や瞳の色が変わり、強気で快活なもう一人の「かすみ」が目を覚ました！　そんな中、指輪と鏡を狙う聖女子と呼ばれる少女がかすみの学校を襲撃して…!?　衝撃のリアル魔法少女ストーリーが始まる──!!

聖女子にされて操られた親友・笑美を救えず、落ち込むかすみ。そんな中、敵である組織のエージェント・ミカエルは組織の方針に疑問を抱き、かすみを守ることを約束する。安心したのも束の間に、『女王の手鏡』と『女王の小指輪』を奪うため新たな聖女子・ハンナが日本に召喚されてしまう。今までの相手よりも魔法を使いこなす強敵がかすみの前に立ちはだかり…!?

かすみの命を狙う組織の名は、『シャンデリア』──。それは、聖女子の魔法を利用し、世界を裏で支配する、強大な存在だった。組織から世界を取り戻したいというミカエルの思いに応え、かすみは戦う決意をする。そんな彼女に、入院中の母親から行方不明だった父が生きていたという知らせが！　2人の新たな聖女子が迫る中、かすみは、とある大きな決断をするが…!?

父のいるミラベルグへ向かう空港で2人の聖女子に襲われたかすみ。聖女子として復活したレベッカの助力を得て反撃に出るものの、聖女子最強と評されるエリザベータが操る強力な電磁波に、かすみたちは押されてしまう。さらに、瞬間移動の能力を持つジェレミィに不意を突かれ、サミュエルが撃たれてしまい…!?