【ページ数が多いビッグボリューム版！】南方仁は東都大学附属病院に勤める脳外科医である。ある日、彼が頭部裂傷の緊急手術を執刀した患者が、病院を脱走しようとする。患者と揉みあう内に仁はなんと幕末の1862年にタイムスリップしてしまった。電気も消毒薬も抗生物質もない世界で、医師南方仁の戦いが始まる。

【ページ数が多いビッグボリューム版！】幕末にタイムスリップした脳外科医・南方仁は、現代の医術で人々を救う決意をした。流行する虎狼痢（コレラ）の治療法を西洋医学所の蘭方医たちに講義するものの、見たこともない治療法を簡単に信じてはもらえない。しかし、虎狼痢に倒れた医者・純庵が仁の治療により回復するのを見て医学所頭取・緒方洪庵は、仁の治療法を江戸中に伝える決断をする…。

【ページ数が多いビッグボリューム版！】幕末にタイムスリップした医師・南方仁は、遊女たちを蝕む瘡毒（梅毒）を治療するため、青カビから手作りでペニシリン精製を成功させた。しかし、その卓越した医術は江戸の医師たちの権威とプライドを脅かす。ある日、顔に大火傷を負った団子茶屋の看板娘を救うため、仁は皮膚移植手術を行う。だが、感染症を防ぐのに頼りのペニシリンが何者かの手によって…!?

【ページ数が多いビッグボリューム版！】漢方医と蘭方医を融合する診療所・仁友堂の建設を進める仁は、身請けを目前にした花魁・野風の乳癌（岩）の手術を決意する。一方、仁の助手を務めてきた咲もひそかに大きな決断をする。その咲の覚悟と新門辰五郎に救われて、仁友堂がスタートを切る…。

【ページ数が多いビッグボリューム版！】蛤御門の変で荒れる京都。志士の殺気渦巻く薩摩屋敷で、仁は、維新の立役者となる薩摩人、西郷隆盛の手術を行う。その術中白刃が患者・西郷に迫った時、仁は襲撃者の長州兵を死に追いやる。命と歴史の重みに苦しみつつ、新選組・沖田総司、そして京都に生きる若者たちに触れ、仁は激流の時代の深みへ踏み込んでいく。

【ページ数が多いビッグボリューム版！】仁が考案した脚気を防ぐ菓子を食べた皇女和宮が倒れた。松本良順と協力し胃洗浄で和宮の命を救った仁だが、毒を盛った犯人の嫌疑がかけられ、咲と共に捕えられてしまう。理不尽な吟味と、さらに牢屋敷の恐ろしいしきたりが仁を待ち受ける!!　釈放のため、坂本龍馬、勝海舟が策をめぐらすが、仁を救ったのは…。

【ページ数が多いビッグボリューム版！】鉛中毒の歌舞伎役者・吉十郎を最後の舞台に立たせ、肘を壊した名力士・陣幕も土俵へ返り咲かせた南方仁は、ペニシリンの運搬を容易にする粉末化に挑む。多紀元エンから依頼された川越藩への出張で、粉末ペニシリンは役に立つのか？　そして、道中の旅籠で仁は不思議な少女と出会う…!?

【ページ数が多いビッグボリューム版！】川越藩での手術を成功させた南方仁は、江戸への帰路につき、大井宿で少女・お初と再会するが、彼女は事故で大怪我をしていた。出血がひどく仁は輸血を試みるが、不思議なことに治療途中、世界から消えていくかのように、仁の姿がぼやけ始める。少女の命と引き換えに仁は何かを失うのか!?

【ページ数が多いビッグボリューム版！】長崎・精得館での医学講義を終え、龍馬の乗るユニオン号に同乗して長州へ向かう南方仁。志士・東修介との衝撃の再会、下関での高杉晋作との出会いを経て、日本の未来を創る若き魂と触れ合い、心揺さぶられる。しかしその後帰り着いた江戸浅草は、慶応の大火に見舞われて、なんとお駒に火付けの容疑が…!?

【ページ数が多いビッグボリューム版！】幕府の威信は低下し庶民が困窮する中、日本の海外への扉は徐々に開き始めていた。南方仁は、軽業師・濱碇定吉を手術した縁で、海外公演に旅立つ濱碇一座を見物に横浜へ向かう。そこで国際結婚をし、やはり海外に旅立つ野風と再会する仁。改めて診察した野風の病状は…そして披露宴の最後のダンスは…。