鉄拳(ナックル・ボム)と言う名のケンカ屋、凪宗一郎とボブ牧原は、統道学園に入学する。学園で最強を名乗るため、二人は強敵に立ち向かう。学園での出会いは、二人の運命を戦場へと導いていく。

柔剣部に入部したケンカ屋２人、宗一郎とボブ。棗家での強化合宿の中でその強さの片鱗を覗かせ、先輩部員達を驚愕させた。そして合宿最終日、ついに宿敵・執行部が動き出す。闘うことへのそれぞれの想いを胸に激闘が始まった!!

柔剣部と執行部の決戦が繰り広げられる中、宗一郎やボブ達に、執行部最強メンバーが次々と襲いかかる！凄まじい戦いに決着をつけるべく、統道学園における力の象徴・執行部会長がついにその姿を現した……。

柔剣部と執行部の戦いは執行部会長・高柳光臣の出現により終結をみた。だがそれをきっかけに、柔剣部部長・真夜の退学が確定し、部内に不穏な空気が流れ始める。それに呼応するように鳴り始めた今は亡き棗　慎の愛刀が過去への扉を押し開く……。

光臣と真夜の出逢い。彷徨い続ける慎。高柳家の不気味な謀略。漢・文七の大活躍。軋む流れの中に交錯する数々の想い。やがて訪れる悲劇の序章が静かに始まった…。

真夜、光臣、高校1年の春。近づいた二人の距離に、楽しげな学園生活が訪れる。しかし、その笑顔の知らないところで、悲しみの歯車は回り始めていた。未だ謎に包まれた龍眼の力。そして、高柳道現師父の目的。計略によりぶつかる強大な力と力の狭間に、真夜、光臣、慎らは巻き込まれて行く…。そんな中、いよいよ天覧武会予備選が始まった!!

「真の武」を覚醒させようという道現師父の計略により、天覧武会予備戦は血生臭い戦いが展開されていた。唯一の心の支えである妹・真夜は光臣に惹かれてゆき、孤独な戦いに疲れ果てた慎は、自分の運命を嘆き呪いながら狂気の淵へと堕ちていく。そして、慎VS光臣の壮絶な戦いが始まる……。

曰く付きの刀“零毀”を手に逃げ出した亜夜を光臣と真夜が追う。「過ちを繰り返しはしない…」同じ思いを持ちながらも、見つめる先を違えた2人は、天覧武會予備戦で決着を付けることを約束する。過去を知った上で、共に戦うことを選んだ宗一郎とボブ。凶祓いの血を覚醒させるべく宗一郎は特別コーチと出逢う……。

予備戦まで、残すところ1か月。十二宗家の元当主達による宗一郎の特訓が始まり、未知数の能力は確実なる成長を遂げていく。その宗一郎と亜夜の前に「F」を名乗る男・穹が現れる。「誰のために戦うのか？」そう問いかける穹と、その答えを探す宗一郎の激しい戦いが始まる。柔剣部VS執行部の戦いは新たな局面を迎えつつあった…。

宗一郎・亜夜・暮井の3人は、棗家に訪れた厭魅家最後の生き残り、魍鬼を助けるために九州へと旅立つ。彼らを迎え討つはFが1人、颯家当主・又左。赤羽の分家にあたる厭魅の聖地にて壮絶なる戦いが火蓋を切る。戻る道を持たず、行く道を知らず、迷い傷つき、それでも人は、前へと進まなければならないのか……。運命に翻弄される若き獅子たちの孤独な戦いが、今始まる!!