嵐の夜。古い洋館で、海底横断鉄道の建設公団理事長シャイロック氏が暗殺され、その死体も消失してしまった。それは、海底超特急マリン・エクスプレスの試運転が迫る数日前のこと……。死体第一発見者の探偵ヒゲオヤジ（伴俊作）は、無免許医B・Jと共に事件の真相を追求すべくマリン・エクスプレスに乗り込むが──!?　海底鉄道を巡るサスペンスから始まる第1弾!!

「マリン計画」を進める建設公団理事長シャイロック氏が謎の死を遂げ、その犯人を追いかけるべく海底特急マリン・エクスプレスに無免許医B・Jと共に乗り込んだ探偵・伴俊作。しかし殺人事件は車両内でも発生し、更にシャイロック同様その死体は消失する──。海底資源争奪や自然破壊を伴う「マリン計画」を巡り、様々な思惑が動き出す第2弾!!

建設公団理事長シャイロック氏暗殺の謎を追って、探偵・伴俊作と無免許医B・Jはマリン・エクスプレスに乗り込んだ。しかし車両内でも事件は続き、設計者のナーゼンコップ博士による「マリン爆破計画」が明らかとなる。マリンと共に暴走するアダムを止める伴俊作たち。そして、目の前に現れた世界とは……!?　時空を超えた最終章、突入!!