三国時代の英雄達の魂を封じた勾玉が日本に流れ着き、その勾玉を受け継いだ闘士達は覇権を争い闘い合うのだった。天然女子高生・孫策伯符もまた、その闘いの渦中に身を投じるのだった。ハイパーバトルの決定版がここに開幕する!!

南陽学院へと転入してきた孫策伯符に学院を支配する袁術から勅が発令される！　南陽四天王・甘寧の奇襲をなんとか凌いだが、次に伯符の前に現れたのは同じく南陽四天王ブチ切れ美少女・呂蒙子明だった!!　関節技の名手・呂蒙の攻撃に伯符は苦戦を強いられる!!

呂蒙とのバトルにかろうじて勝利した伯符。だが、伯符狙う闘士達は止まることを知らなかった。そんな中、最強の闘士を決める「大闘士大会」が開催。ただ強い闘士と闘いたいだけの伯符にとって、覇権争いの為のバトルなどしたくわなかった。思い悩む伯符。その心中は揺らぎ始めるのだった…。

大闘士大会一回戦にて苦戦を強いられる公瑾と楽就のもとに呂蒙が参戦！　一方、闘士達の闘う意味に答えの出ない伯符だったが、太史慈の無言のエールに励まされ、伯符は悩みを振り切り大闘士大会会場へと向かうのだった。だがその道中に待っていたのは…。

董卓亡き後、抑止力を失った闘士達が潰し合いをする中、爆乳女子高生闘士・伯符は己の運命を変えるため千八百年前の孫策を死へと導いた因縁深き闘士・于吉のいる呉郡高校へと向かった。はたして干吉との壮絶なるバトルの結末に待つものは!?

于吉との死闘中、周瑜を傷つけてしまった伯符は、周瑜を蝕む邪気を己の身体に取り込む。しかし、その邪気は伯符の命を削っていくのだった…。一方その頃、更に激しさを増す闘士達の争いの中、覇王たる宿命を背負った曹操、劉備も、身体に宿した龍を目覚め始めさせていた。

曹操が率いる許昌学院が次々と他校の制圧に乗り出しす中、危機感を感じた成都学園の関羽は、頭主・劉備のため“伏龍”と称される諸葛亮孔明を求めて「桃源院」へと向かうのだった。だが、そこで待ち受けていたのは老いぼれた老人だった…!?　関羽は孔明を捜しだせるのか？

覚醒した魔王・曹操を倒すため孔明が仕掛けた画策は、南陽の仕業に見せかけ許昌の郭嘉を倒し、現代に赤壁を起こすことだった。郭嘉を失った曹操は激怒し、許昌の全闘士に南陽学院討伐の勅を降した。そんな画策の進行など何も知らない伯符と公瑾だったが、登校途中ついに曹操配下の闘士達が二人に襲い掛かかったのだった!!

曹操による南陽討伐の勅により、中学生にして唯一の特Ａランク闘士である典韋が呂蒙を襲った。典韋の圧倒的な力の前に窮地に陥る呂蒙…。絶体絶命かと思われた瞬間、呂蒙の眼帯で隠されてきた瞳が妖しい光を放ち始めた！　そして物語は、呂蒙の左目に隠された謎を追い、闘士達の中学時代へとさかのぼってゆくのだった…。

呂蒙と劉備の過去に起きた死闘によって、ついに眼帯で隠されてきた呂蒙の左目の謎が明らかになる。一方、曹操による南陽闘士討伐が更に激化する中、自分を守るため許昌に捕われた公謹を心配する伯符の許に一人の謎の闘士が現れる。はたしてその闘士の目的と正体は…。そして物語は、複雑に絡み合ういくつもの計略によって、闘士達の運命を導いていく…。