増え続けるエスパーが軍事・外交・経済などの国際競走のカギを握るようになった21世紀。日本国内では３人しか確認されていない最強超度（能力レベル）のエスパーである薫、葵、志穂の３人は、特務エスパー「ザ・チルドレン」として難事件の解決に日夜奔走中である。しかし、凄まじい能力を持っているとはいえ、彼女たちは弱冠10歳の女の子。チルドレンの現場主任である20歳の科学者・皆本は、オマセで生意気な３人に振り回されっ放しの毎日で…。

特務エスパー「ザ・チルドレン」として、危険な任務に従事する３人の女の子、薫・葵・紫穂。バベル本部としては、10歳にして凄まじい能力を持っている彼女たちが、今後どう育っていくのかを心配せずにはいられない。とはいえ、本部の予知システムでも「チルドレンは天使か悪魔か？」という質問に対して、まだ答えが出ていないのが現状で…。

エスパーである自分たちの能力を存分に発揮し、多発する犯罪や自然災害の解決に今日も活躍する「ザ・チルドレン」。その中にあってとりわけ凄まじい能力を見せつける薫に対し、熱い視線を送るひとりの男がいた。彼の名は兵部京介。地下500mの特殊監房に厳重態勢で収容しても、たびたび外に出てきてしまう「エスパー犯罪史上最悪の人物」らしいのだが…。

最近毎晩のように、酒と香水の匂いを体に染み付かせて帰宅する皆本に対して、嫉妬や好奇心を爆発させる「ザ・チルドレン」の３人。職務上の機密と言い張る皆本だが、どうやらこの件には女たらしで有名なESPドクター・賢木が関わっている様子。さらに２人は明日、バベルの美人受付嬢２人組との合コンをしようとしていることが分かり…。

仕事の合間をぬって、スーパー銭湯にやってきた皆本と「ザ・チルドレン」の３人。だが、そこで遭遇したセクシーな外国人少女は、米政府エスパーチームに所属する高レベルのサイコキノだった!!　予想だにせぬ彼女の奇襲に、さすがの「ザ・チルドレン」もなす術なく捕まってしまい…。

皆本が、エスパー解放のための革命組織「パンドラ」の澪に誘拐されてしまい、直ちに救出へ向かった「ザ・チルドレン」。だが、部分テレポートを使う澪は、２人の分身を生み出して直接対決を挑み、薫たちと互角以上に渡り合う。一方、皆本は同じく救出に来ていた賢木の活躍で脱出を試みるが、そこに澪の本体が下半身だけ現れて…。

皆本と「ザ・チルドレン」をくっつけようとする不二子の策略により、末摘が超能力で変身した、大人になった姿の紫穂とデートすることになった皆本。だが、こっそり沖縄までつけてきた薫たちがそれを目撃し、皆本の浮気（？）に激怒する。そんなことも知らず、皆本は別の場所で、今度は大人姿の葵に迫られるはめに…。

エスパーと普通人との争いを激化させようとし、「ザ・チルドレン」のもとに電磁波義兄弟を送り込んだ「パンドラ」。彼らの電波ジャックにより、自分たちのイメージを汚されたニセ映像を放送されてしまった「ザ・チルドレン」は、不二子の指示で送電線を切断し、都内全域が停電となった中で反撃を開始するが…。

反エスパー団体の支援者を父に持ちながら、エスパーの兆候が発見された少年・タケシ。超能力の覚醒を促そうと試みた「ザ・チルドレン」だが、その目覚めた力は予想以上で、不意にテレポーテーションされて見失ってしまう。急に強力なエスパーになった子供が、まずやることと言えば…。事情を察した「ザ・チルドレン」が向かったその場所は…。

インパラヘン王国皇太子・パトゥラは、巫女のサラとの結婚を望むが、王族と巫女は結婚できないのがしきたり。だが、納得のいかない「ザ・チルドレン」は、自由恋愛を認めさせるべく、しきたりを守ろうとする先代巫女・マサラと決闘することに！　３対１の闘いではあるが、マサラも超度７のエスパーである上、歴代巫女のさまざまな超能力を使える強敵で…。