過去の記憶をなくし、抜け殻同然に生きていた少年・ヒジリ。彼は、ある研究所から逃亡してきたイミテとディンに出会うことで、擬似ナイトフライオノートなる異形の敵との戦いに巻き込まれる。その戦いの中、ヒジリは、自らも想像しえなかった新たなる姿「スカーレッドライダー」へと変身するのだが――!?

ALGの追っ手から逃れ、束の間の穏やかな日々が訪れるも、イミテの体に異変が…！　街を脱出するはずが、ALGの罠に陥るヒジリたち。「紅の世界」と「青の世界」の命運を握るイミテの秘密、そして暴走する科学者・芹沢が選択した戦慄の計画とは!?　少年ヒジリがライダー・ヒジリとなる運命の最終章――!!