昭和十五年。古城健は、明日の０戦乗りを夢見て予科練での厳しい訓練に耐える日々。親友のブンヤが音を上げて脱走したのを見れば、ほうってはおけない！同じ赤トンボで後を追ったが、海上で謎の潜水艦と遭遇。兄のような名パイロットになるのを夢見ていた健は、見事敵をやっつけたが、ある日信じられない知らせを聞く。兄の古城少佐は中国で突然姿を消し、脱走したというのだ！

少佐と呼ばれる覆面の訓練隊長は、健たち予科練生に次々と過酷な試練を与える。小隊ごとの訓練が始まったのだが、なにかと健と対立する嵐はチームワークを乱すし、成績が悪ければ地上兵に回されてしまうという板ばさみの状況でも、健はめげずに訓練に励む。そしていよいよ出撃の日！意気揚々と汽車に乗り込もうとする健だったが、またも嵐が足を引っ張ろうとなにやら画策していて……!?

荒鷲少年隊の最初の任務は、敵の弾薬庫となっている島「ゴルゴンの首」への攻撃。それまでの日本軍の攻撃作戦もことごとく失敗している、それは難攻不落の島だった。健たちはなんとか上陸に成功したものの、作戦成功のためなら味方をも見殺しにする隊長に徐々に不信感を募らせてゆく。ブンヤを人質に取られ、ピンチに陥った健たちだが、「トロイの木馬」作戦で敵に奇襲攻撃を仕掛ける!!