時は戦国。 “志能便”（シノビ）の修行を積み、 特殊技能を得た４人の少年たち。 “悪魔”が蔓延る暗黒のヨーロッパを救うべく、海を渡る――!! 史実に基づく「少年航路巨編」ここに開幕!!!

囚われの少年達は、織田信長と脱走を図る！ 黄金（マレー）半島に辿り着いた使節団の少年達。 マンショとミゲルの２人は、 悪しき領主の手によって投獄されてしまう。 そして牢の中で出会ったのは、 なんと、死んだはずの織田信長。 ３人は協力し、命を懸けて脱走を試みるが――！？

使節団×信長×悪魔。三者の思惑が衝突！ インドのゴアに到着した使節団。 そこでは、信長一行の手によって 大勢の神父が虐殺されていた。 しかし信長は「まことを見よ」と告げる… その言葉の真意とは、一体――！？ そして、真の黒幕が明らかになる！！！

少年使節団ＶＳ．悪魔、決着の時！最終巻！ ゴアでの激しい戦闘によって、 バラバラになった使節団の少年達。 ミゲルとしゆんは錬金術師の館で、 マンショとマルチノは絶海の孤島で、 それぞれ悪魔と死闘を繰り広げる！ 二組は、宿敵・ヴァリニャーノの元へ 辿り着くことができるのか――!? 少年航路巨編、感動の最終巻!!