謎の組織「破壊党(デストロイヤー)」は日本を近代国家にふさわしい国に作り替えるべく、時代錯誤な文化財や建造物を一年以内に破壊すると宣言。その言葉が本当であることを示すように有名な寺院や神社が次々と爆破されていった。宮城刑務所に収監されていた死刑囚・川辺竜二は、悪党だけをターゲットとにした元殺し屋。竜二は死刑を執行された直後に国家秘密保安局によって保護・蘇生され、殺人許可書を持つ秘密エージェント“Ｚ”として生まれ変わる。その使命は「破壊党」の正体を暴き壊滅させることだった。

暗黒街で恐れられた超一流の殺し屋・竜。だが腕利きの捜査官を必要とする日本保安局はこの殺し屋・竜に目を付けた。まず竜の死刑を執行させ、仮死状態のままの彼を組織に運び込み、蘇生させた。こうして出来上がったのが鋼鉄の心を持つ戦闘員・「Z」なのだ!!組織の中で、個性が規格化されつつある現代に背を向け、傷ついた男の陰影と、非情の裏に押し隠したヒューマニズムを漂わせて生きる一匹狼…。今回の任務は、日本で秘密裏に行われていた原子爆弾研究に関する機密書類の奪還!!日本を再び戦争の渦に巻き込ませない為、身を捨てて指令に従うZの悲しき戦いが幕を開ける…!!