『バジリスク ～甲賀忍法帖～』で、甲賀と伊賀の忍たちが徳川家の世継ぎ争いのため命を散らしてから十年の月日が流れた……。平穏を取り戻したかに見えた忍たちに、今、新たなる脅威が襲いかかる!! 忍の里の若き棟梁・甲賀八郎と伊賀響に秘められた力「桜花」を狙い、超絶の秘術を操る正体不明の五人組「成尋衆」が現れる。それは十年前の殺戮合戦をも凌ぐ、恐るべき戦いの幕開けだった!!

甲賀八郎のもとに集いし次世代の忍たち。奪われた響の身体を、その生命を取り戻すために、八郎は一度は敗れた成尋衆に再び戦いを挑むこととなる。果たして超絶の秘術を使う成尋衆とは何者なのか!? 謎の力「桜花」を巡る戦い、始まる！！

成尋衆が作り出した巨大要塞“鳳輦車”の中で、繰り広げられる忍と成尋衆の戦い！！　バラバラに引き裂かれた響の身体とその命を取り戻すべく、十人の若き忍たちが己の命を投げ出して敵に挑む！！

碁石才蔵と夜叉至が”読み合い”の果てに迎える最終局面…投了するのはいずれの者か!?　巨大な城・鳳輦車で繰り広げられる戦いの中で、若き忍たちは成尋衆から響の身体を取り戻すことはできるのか!?

徐々に数を減らしてゆく成尋衆と甲賀伊賀衆…激しい相克の中、天海僧正が怪しく蠢き始める――。「桜花」を狙う様々な勢力の思惑が絡み合う中、八郎と響の瞳に秘められし“特別な力”は、この世界に何をもたらすのか……？

響の復活を喜ぶ間もなく、忍たちに次なる危機が襲いかかる!!　現れたのは成尋の忠実なる部下にして、六年前の慈尊院村で八郎と死闘を演じた孔雀啄!!　時を操り敵を弄ぶ孔雀の秘術「時の逆鉾」を八郎は如何に突破するのか――!?

成尋の「狂儡」によって操られた響が、八郎の前に立ちふさがる。対峙する二人には殺し合う道しか残されていないのか!? 「桜花」に翻弄される双子が、最後に選び取った忍の「運命」とは!? 忍たちの死闘、ついに完結!!