社会の発展にともない、犯罪も凶悪化の一途をたどっていた――そんなある日突然、原子力発電所からプルトニウムが強奪された。闇の軍隊“フェニックス”と名乗る襲撃犯たちは、腐敗した日本に理想国家を築きあげるのが目的だとうそぶく。そして、そのために次々と兵器人間（ウェポノイド）を送り込んできた。一方、フェニックスの野望を阻止するために、日本武装警察（J.A.P）の戦士・コマンダー０が出動した!!

コマンダー０とフェニックスの兵器人間との死闘は続いていた。フェニックスは無用な人間を亡き者とする『虐殺計画（ジェノサイド・プロジェクト）』を企てていたのだ！だが、「人間」や「人間の可能性」を信じるコマンダー０は、たとえ相手がどんな強敵であっても、負けるわけにはいかなかった……。フェニックスの総統・Mr.シャッフルの真の狙いとは!?そして、衝撃の結末が訪れる!!